معلومة

بيانات TCGA وأسئلة تصميم المعلومات الحيوية لتحليل SNP / mirna

بيانات TCGA وأسئلة تصميم المعلومات الحيوية لتحليل SNP / mirna


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

إنها المرة الأولى التي أنشر فيها في هذا المنتدى ولكني كنت أبحث عن بعض المساعدة بشأن جوانب البيانات لهذا المشروع.

ستكون أدواتي المفضلة في python / R.

هدف: إنني أتطلع إلى إنشاء ملف تعريف مرض معين من SNPs و SNPs فقط في مواقع استهداف miRNAs و miRNA.

الجزء 1: TCGA خطوتي الأولى هي استخدام بيانات TCGA التي تسرد عددًا كبيرًا من الطفرات الضارة بتنسيق LOH .txt. أود أن أكون قادرًا على تعيين تلك الطفرات إلى SNPs أو الجينات أو miRNAs (أيًا كانت الكيانات التي تنتمي إليها). ورقة بيانات TCGA هنا. البيانات النموذجية هنا. لسرطان الثدي. أعتقد أنه يمكنني استخدام بيانات miRNA و mRNA هذه أيضًا.

أسئلة هنا:

  1. كيفية فك تشفير بيانات LOH لمعرفة ما إذا كانت ذات مغزى وأين يتم تعيينها؟
  2. ما هي الأدوات التي يجب استخدامها لرسم الخرائط وما هي تنسيقات البيانات النهائية؟ فاستا؟

ميرنا / الأهداف و النيوكلوتايد التالي هو الحصول على mRNAs و mRNAs معينة للسرطان ورسم خرائط SNPs لهم؟ أفترض استخدام قواعد بيانات dbSNP أو Sanger miRNA للحصول على أهداف / ميرنا وتسلسلات البذور.

لقد فقدت بعض الشيء فيما يتعلق بكيفية دمج كل هذه المعلومات ، وما هي التنسيقات التي يجب استخدامها للإخراج (المرتبطة بالقطع الفردية) والأدوات التي يجب استخدامها لجمع كل هذه البيانات باستخدام Python. هذه الأداة هي أداة مفيدة mirdsnp.


يمكنك إلقاء نظرة على هذا البرنامج التعليمي لفهم ملفات TCGA MAF. ويمكنك العثور على قائمة بملفات TCGA MAF التي تحتوي على الطفرات المعينة للجينات و miRNA على https://www.synapse.org/#!Search:syn1710680


شاهد الفيديو: miRNA differential expression analysis (شهر فبراير 2023).