معلومة

هل هناك ارتباط سلبي بين الرنا المرسال الذي تنتجه الخلية ووقت الاستخراج؟

هل هناك ارتباط سلبي بين الرنا المرسال الذي تنتجه الخلية ووقت الاستخراج؟


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

أقوم ببعض تحليل البيانات حول السلاسل الزمنية للتعبير الجيني. عندما أرسم mRNA الذي تنتجه خلايا P. Furiosus المشعة بواسطة أشعة غاما ضد وقت الاستخراج ، يبدو أن هناك علاقة سلبية بينهما. هل هي نتيجة جيدة من وجهة نظر بيولوجية؟


$ جاما $-الإشعاع ينتج تكسر الحمض النووي أحاديًا ومزدوجًا ، اعتمادًا على الجرعة ، وينشط مسارات إصلاح تلف الحمض النووي مثل p53. خلال هذا الوقت ، تعتقل دورة الخلية ويتوقف معظم إن لم يكن كل إنتاج الرنا المرسال. للجرعات شبه المميتة من $ جاما $ أشعة ، أتوقع أن أرى مستويات mRNA المنتجة حديثًا تنخفض بسرعة إلى حد ما مع مرور الوقت بعد الجرعة الأولية ، ثم ربما تبدأ في الزيادة مرة أخرى لاحقًا حيث يتم إصلاح الضرر وإطلاق نقاط تفتيش دورة الخلية.


الديناميات العالمية لاستقرار الحمض النووي الريبي تنسق الاستجابات للتنشيط الخلوي

تستخدم النسخ لتحديد التغيرات في المستويات المتراكمة من الرنا المرسال بعد التنشيط الخلوي. تنشأ هذه التغييرات من التدفقات المتعارضة للنسخ واضمحلال الرنا المرسال ، وكلاهما يؤثر على الديناميات الوظيفية للتعبير الجيني العالمي. دراسة نشرت مؤخرا في علم الجينوم BMC يركز على المساهمة التي قدمها استقرار الرنا المرسال في تشكيل حركية الاستجابات الجينية في خلايا الثدييات.


تأثير حجم الجسيمات النانوية الدهنية على مناعة لقاح الرنا المرسال

الجسيمات النانوية الدهنية (LNP) هي وسائل توصيل فعالة للحمض النووي الريبي المرسال (mRNA) وقد أظهرت نتائج واعدة في تطبيقات اللقاح. ومع ذلك ، لا توجد تقارير منشورة توضح بالتفصيل كيف يمكن للخصائص الفيزيائية الحيوية LNP أن تؤثر على أداء اللقاح. في أيدينا ، كشف تحليل بأثر رجعي للقاح mRNA LNP في الدراسات المجراة عن وجود علاقة بين حجم جسيم LNP والقدرة المناعية في الفئران باستخدام LNPs من تركيبات مختلفة. لمزيد من التحقيق في هذا الأمر ، قمنا بتصميم سلسلة من الدراسات لتغيير حجم جزيئات LNP بشكل منهجي دون تغيير تركيبة الدهون وتقييم الخصائص الفيزيائية الحيوية واستمناع LNPs الناتجة. في حين أن LNPs ذات القطر الصغير كانت أقل مناعة في الفئران ، فإن جميع أحجام الجسيمات المختبرة أسفرت عن استجابة مناعية قوية في الرئيسيات غير البشرية (NHP).


الطفرات الموروثة في السرطان

لتعقيد الأمور ، من الواضح أن التغييرات اللازمة لإنشاء خلية سرطانية يمكن تحقيقها بعدة طرق مختلفة. على الرغم من أن جميع أنواع السرطان يجب أن تتغلب على نفس مجموعة الوظائف التنظيمية من أجل النمو والتقدم ، قد تختلف الجينات المعنية. بالإضافة الى، الأمر - الطلب قد تختلف أيضًا في الحالات التي تصبح فيها الجينات غير منظمة أو مفقودة. على سبيل المثال ، قد تتضمن أورام سرطان القولون من شخصين مختلفين مجموعات مختلفة جدًا من مثبطات الأورام والجينات المسرطنة ، على الرغم من أن النتيجة (السرطان) هي نفسها.

إن عدم التجانس الكبير الملاحظ في السرطان ، حتى في نفس العضو ، يعني أن التشخيص والعلاج معقدان. يجب أن تسمح التطورات الحالية في التصنيف الجزيئي للأورام بالتصميم العقلاني لبروتوكولات العلاج بناءً على الجينات الفعلية المشاركة في أي حالة معينة. قد تتضمن الاختبارات التشخيصية الجديدة فحص مئات أو آلاف الجينات لإنشاء ملف تعريف شخصي للورم في الفرد. يجب أن تسمح هذه المعلومات بتفصيل علاجات السرطان الموجهة للفرد. لمزيد من المعلومات حول هذا ، راجع قسم علم الجينوم / البروتينات.

يمكن الحصول على التغييرات الجينية التي تؤدي إلى نمو الخلايا غير المنظم بطريقتين مختلفتين. من الممكن أن تحدث الطفرة تدريجيا على مدى عدد من السنوات ، مما أدى إلى ظهور حالة "متفرقة" من السرطان. بدلاً من ذلك ، من الممكن أن ترث جينات مختلة تؤدي إلى تطور شكل عائلي من نوع معين من السرطان. تتضمن بعض أمثلة السرطانات ذات المكونات الوراثية المعروفة ما يلي:

  • سرطان الثدي- وراثة نسخ متحولة من BRCA1 و BRCA2 من الجينات عوامل خطر معروفة. على الرغم من أن العديد من المصابين بسرطان الثدي ، إن لم يكن معظمهم ، يفعلون ذلك ليس لديهم تغيرات يمكن اكتشافها في هذه الجينات ، فإن وجود شكل متحور يزيد من احتمالية الإصابة بسرطان الثدي.
  • سرطان القولون- عيوب في جينات إصلاح الحمض النووي مثل MSHمن المعروف أن رقم 2 يؤهب الأفراد للإصابة بسرطان القولون والمستقيم الوراثي غير السلائل (HNPCC).
  • الورم الأرومي الشبكي - عيوب في ر من المعروف أن الجين الكابت للورم يسبب سرطان العين وأنواع أخرى عديدة من السرطانات. يمكن العثور على المزيد حول هذا المرض بالذات في القسم الخاص بـ ر

هذه قائمة غير كاملة لأنواع السرطان الموروثة المعروفة ، ومن المؤكد أنه سيتم تحديد المزيد من أشكال السرطان الموروثة على أنها جينات لأنواع مختلفة من السرطان.

يمكن العثور على مزيد من المعلومات حول هذا الموضوع في الفصلين 2 و 4 من بيولوجيا السرطان بواسطة Robert A. Weinberg.


مراجع

Richard، P. & amp Manley، J.L. إنهاء النسخ بواسطة بوليميراز الحمض النووي الريبي النووي. تطوير الجينات. 23, 1247–1269 (2009).

Marzluff، W. F.، Wagner، E.J & amp Duronio، R.J. نات. القس جينيه. 9, 843–854 (2008).

تيان ، ب. & أمبير ؛ غرابر ، ج.ح. وايلي Interdiscip. القس RNA 3, 385–396 (2012).

عوامل البروتين Mandel، C.R، Bai، Y. & amp Tong، L. زنزانة. مول. علوم الحياة. 65, 1099–1122 (2008).

Zhao ، J. ، Hyman ، L. & amp Moore ، C. ميكروبيول. مول. بيول. القس. 63, 405–445 (1999).

Shi، Y. & amp Manley، J.L نهاية الرسالة: تفاعلات متعددة بين البروتين والحمض النووي الريبي تحدد موقع mRNA polyadenylation. تطوير الجينات. 29, 889–897 (2015).

Colgan، D.F & amp Manley، J.L. آلية وتنظيم مرنا متعدد الأدينيل. تطوير الجينات. 11, 2755–2766 (1997).

Edwalds-Gilbert، G.، Veraldi، K.L & amp Milcarek، C. اختيار موقع متعدد بديل (A) في وحدات النسخ المعقدة: هل يعني ذلك؟ الدقة الأحماض النووية. 25, 2547–2561 (1997).

Barabino، S. M. & amp Keller، W. أخيرًا وليس آخرًا: تشكيل ذيل بولي منظم. زنزانة 99, 9–11 (1999).

Gautheret ، D. ، Poirot ، O. ، Lopez ، F. ، Audic ، S. & amp Claverie ، J.M. الدقة الجينوم. 8, 524–530 (1998). تشير هذه الورقة إلى أول استخدام لعلامات التسلسل المعبر عنها لتحديد مواقع APA على مستوى الجينوم.

Tian ، B. ، Hu ، J. ، Zhang ، H. & amp Lutz ، C. S. تحليل واسع النطاق لعديد الأدينيل mRNA لجينات الإنسان والفأر. الدقة الأحماض النووية. 33, 201–212 (2005).

ديرتي ، إيه وآخرون. أطلس كمي لعديد الأدينيل في خمسة ثدييات. الدقة الجينوم. 22, 1173–1183 (2012).

Hoque، M. et al. تحليل الانقسام البديل وعديد الأدينيل عن طريق الاستخراج 3 المنطقة والتسلسل العميق. نات. أساليب 10, 133–139 (2013).

Mayr ، C. التطور والأدوار البيولوجية للبديل 3 UTRs. اتجاهات خلية بيول. 26, 227–237 (2016).

Proudfoot، N.J. إنهاء الرسالة: إشارات بولي (A) آنذاك والآن. تطوير الجينات. 25, 1770–1782 (2011).

Elkon، R.، Ugalde، A.P & amp Agami، R. الانقسام البديل والبولي أدينيل: المدى والتنظيم والوظيفة. نات. القس جينيه. 14, 496–506 (2013).

دي جيامارتينو ، دي سي ، نيشيدا ، ك. & أمبير مانلي ، جي.إل.آليات وعواقب تفاعل البولي أدينيل البديل. مول. زنزانة 43, 853–866 (2011).

Tian، B. & amp Manley، J.L. الانقسام البديل وعديد الأدينيل: طويل وقصير. اتجاهات Biochem. علوم. 38, 312–320 (2013).

هانت ، A.G.Messenger RNA 3 ، نهاية التكوين في النباتات. بالعملة. قمة. ميكروبيول. إمونول. 326, 151–177 (2008).

Bartel، D. P. MicroRNAs: التعرف على الهدف والوظائف التنظيمية. زنزانة 136, 215–233 (2009).

Sandberg ، R. ، Neilson ، J.R ، Sarma ، A. ، Sharp ، P. A. & amp Burge ، C.B. الخلايا المتكاثرة تعبر عن mRNAs مع تقصير 3 مناطق غير مترجمة وعدد أقل من مواقع الرنا الميكروي المستهدفة. علم 320, 1643–1647 (2008). هذا هو التقرير الأول الذي يشير إلى حدوث تغيرات عالمية في APA نتيجة للتغيرات في تكاثر الخلايا ، مما يدل على وجه التحديد على استخدام 3-UTR PASs القريبة أثناء تنشيط الخلايا التائية.

Ji ، Z. ، Lee ، J. Y. ، Pan ، Z. ، Jiang ، B. & amp Tian ، B. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 106, 7028–7033 (2009). توضح هذه المقالة تنظيم APA العالمي في التطور الجنيني ، وربط نشاط polyadenylation مع APA أثناء تمايز الخلايا.

Mayr، C. & amp Bartel، D. P. تقصير واسع النطاق لـ 3 UTRs عن طريق الانقسام البديل والبولي أدينيل ينشط الجينات المسرطنة في الخلايا السرطانية. زنزانة 138, 673–684 (2009). يشير هذا المنشور إلى وجود علاقة بين تقصير 3-UTR ، خاصة في نسخ العديد من الجينات الورمية الأولية ، وتحويل الخلية.

نام ، جيه دبليو وآخرون. التحليلات العالمية لتأثير السياقات الخلوية المختلفة على استهداف microRNA. مول. زنزانة 53, 1031–1043 (2014).

هوفمان ، واي وآخرون. 3 ′ تقصير UTR يقوي القمع المستند إلى microRNA للجينات المؤيدة للتمايز في تكاثر الخلايا البشرية. بلوس جينيت. 12، e1005879 (2016).

Garneau، N.L، Wilusz، J. & amp Wilusz، C.J. الطرق السريعة والطرق الفرعية لانحلال الرنا المرسال. نات. القس مول. خلية بيول. 8, 113–126 (2007).

جراهام ، آر آر وآخرون. ثلاثة متغيرات وظيفية للعامل التنظيمي IFN 5 (IRF5) تحديد المخاطر والأنماط الفردية الوقائية لمرض الذئبة البشرية. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 104, 6758–6763 (2007).

تقوم Gong، C. & amp Maquat، L. E. lncRNAs بمعالجة اضمحلال الرنا المرسال بوساطة STAU1 عن طريق الطباعة المزدوجة مع 3 UTRs عبر عناصر Alu. طبيعة سجية 470, 284–288 (2011).

Hogg، J.R & amp Goff، S. P. Upf1 يستشعر 3 UTR لتقوية اضمحلال الرنا المرسال. زنزانة 143, 379–389 (2010).

Spies، N.، Burge، C.B & amp Bartel، D. P. 3 خيار الشكل الإسوي UTR له تأثير محدود على الاستقرار والكفاءة الانتقالية لمعظم الرنا المرسال في الخلايا الليفية للفأر. الدقة الجينوم. 23, 2078–2090 (2013). يقدم هذا التقرير تحليلاً شاملاً للتأثيرات المختلفة لـ UTRs القصيرة والطويلة 3-UTR على تحلل الرنا المرسال والترجمة.

يوليتسكي ، آي وآخرون. مادة عديد الأدينيل البديلة واسعة النطاق أثناء تطوير الزرد. الدقة الجينوم. 22, 2054–2066 (2012).

Geisberg، J. V.، Moqtaderi، Z.، Fan، X.، Ozsolak، F. & amp Struhl، K. يكشف التحليل العالمي لنصف العمر الإسوي لـ mRNA عن عناصر الاستقرار وعدم الاستقرار في الخميرة. زنزانة 156, 812–824 (2014).

Tycowski ، K. T. ، Shu ، M.D & amp Steitz ، J.A عدد لا يحصى من الهياكل ثلاثية الحلزون في عنصر RNAs القابل للنقل للنباتات والفطريات. مندوب الخلية. 15, 1266–1276 (2016).

Lee ، J. E. ، Lee ، J. Y. ، Wilusz ، J. ، Tian ، B. & amp Wilusz ، C.J. رابطة الدول المستقلة- العناصر الموجودة في الرنا المرسال غير المستقرة توضح أن CUGBP1 هو المنظم الرئيسي لاضمحلال الرنا المرسال في خلايا العضلات. بلوس واحد 5، e11201 (2010).

Floor، S.N & amp Doudna، J. A. توليف البروتين القابل للضبط بواسطة الأشكال الإسوية النسخ في الخلايا البشرية. eLife 5، e10921 (2016).

نيفي وآخرون. يربط تنميط الحمض النووي الريبي الخلوي بين الربط و DICER1 النووي للانقسام البديل والبولي أدينيل. الدقة الجينوم. 26, 24–35 (2016).

Djebali، S. et al. منظر طبيعي للنسخ في الخلايا البشرية. طبيعة سجية 489, 101–108 (2012).

Chen، L.L & amp Carmichael، G.G. تغيير الاحتفاظ النووي للـ mRNAs التي تحتوي على تكرار مقلوب في الخلايا الجذعية الجنينية البشرية: الدور الوظيفي للحمض النووي الريبي النووي غير المشفر. مول. زنزانة 35, 467–478 (2009).

Martin، K.C & amp Ephrussi، A. mRNA localization: التعبير الجيني في البعد المكاني. زنزانة 136, 719–730 (2009).

An ، J. J. et al. دور مميز لـ 3 ′ UTR BDNF mRNA في مورفولوجيا العمود الفقري واللدونة المتشابكة في الخلايا العصبية الحُصينية. زنزانة 134, 175–187 (2008).

Andreassi، C. & amp Riccio، A. للترجمة أو عدم التوطين: مصير mRNA موجود في 3 نهايات UTR. اتجاهات خلية بيول. 19, 465–474 (2009).

يودين ، د. وآخرون. يتحكم التنظيم الموضعي لـ RanGTPase المحوري في إشارات الإصابة إلى الوراء في العصب المحيطي. عصبون 59, 241–252 (2008).

Taliaferro ، J.M et al. البديل البعيد الأخير exons يقوم بترجمة mRNAs إلى الإسقاطات العصبية. مول. زنزانة 61, 821–833 (2016).

لويا ، إيه وآخرون. يتوسط 3′-UTR التوطين الخلوي لـ mRNA الذي يشفر بروتين غشاء بلازما قصير. RNA 14, 1352–1365 (2008).

Reid، D.W & amp Nicchitta، C. V. التنوع والانتقائية في ترجمة mRNA على الشبكة الإندوبلازمية. نات. القس مول. خلية بيول. 16, 221–231 (2015).

Berkovits ، B. D. & amp Mayr ، C. البديل 3 ′ UTRs بمثابة سقالات لتنظيم توطين بروتين الغشاء. طبيعة سجية 522, 363–367 (2015). يكتشف هذا العمل آلية جديدة يعمل بها aUTR الخاص بالنسخة كسقالة لتجميع مجمعات بروتينية معينة ، والتي تعدل بعد ذلك التوطين الخلوي للبروتين المشفر.

Vasudevan، S.، Peltz، S.W & amp Wilusz، C.J.Non-stop decay - مسار جديد لمراقبة الرنا المرسال. بيوسيس 24, 785–788 (2002).

ياو ، ب. وآخرون. تولد منطقة ترميز polyadenylation منطقة ترميز توليف tRNA مبتورًا يقاوم قمع الترجمة. زنزانة 149, 88–100 (2012).

Elkon، R. et al. يتوسط E2F بديل متعدد الأدينيل المعزز في الانتشار. جينوم بيول. 13، R59 (2012).

Amara، S.G، Jonas، V.، Rosenfeld، M.G، Ong، E.S & amp Evans، R.M. معالجة بديلة للحمض النووي الريبي في التعبير الجيني كالسيتونين تولد mRNAs ترميز منتجات عديد الببتيد المختلفة. طبيعة سجية 298, 240–244 (1982).

Alt ، F. W. et al. يتم توجيه توليف السلاسل الثقيلة للجلوبيولين المناعي المفرز والمرتبط بالغشاء بواسطة mRNAs التي تختلف في نهاياتها 3. زنزانة 20, 293–301 (1980).

ديفيس ، إم جيه وآخرون. يعد الاستخدام التفاضلي لببتيدات الإشارة ومجالات الغشاء أمرًا شائعًا في خرج البروتين لوحدات النسخ. بلوس جينيت. 2، e46 (2006).

فورلوفا ، إس وآخرون. تحريض كينازات التيروزين للمستقبلات القابلة للذوبان القابلة للذوبان عن طريق تنشيط polyA intronic. مول. زنزانة 43, 927–939 (2011).

دي جيامارتينو ، دي سي وآخرون. تنظم الأشكال الإسوية لـ RBBP6 آلية تفاعل البولي أدينيل البشري وتعديل التعبير عن mRNAs مع 3 ′ UTRs الغنية بالاتحاد الأفريقي. جين ديف. 28, 2248–2260 (2014).

Mbita ، Z. وآخرون. إلغاء تنظيم RBBP6 isoform 3 / DWNN في السرطانات البشرية. مول. الخلية الحيوية. 362, 249–262 (2012).

بان ، زد وآخرون. يشير موقع متعدد الأدينيل intronic في جينات CstF-77 للإنسان والفأر إلى آلية تنظيمية محفوظة تطوريًا. الجين 366, 325–334 (2006).

لو ، دبليو وآخرون. يضفي موقع الانقسام الداخلي المحفوظ وموقع polyadenylation للجين CstF-77 التحكم في نشاط المعالجة ثلاثي الأطراف من خلال التنظيم التلقائي للتغذية الراجعة وبواسطة U1 snRNP. بلوس جينيت. 9، e1003613 (2013).

Audibert ، A. & amp Simonelig ، M. التنظيم الذاتي على مستوى mRNA 3 ′ نهاية تشكيل القامع متشعب جين ذبابة الفاكهة سوداء البطن محفوظ في ذبابة الفاكهة فيريليس. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 95, 14302–14307 (1998).

Zhao ، W. & amp Manley ، J. مول. زنزانة. بيول. 16, 2378–2386 (1996).

Takagaki ، Y. ، Seipelt ، R. L. ، Peterson ، M. زنزانة 87, 941–952 (1996). تكشف هذه الدراسة عن آلية لتنظيم APA حيث يؤدي زيادة التعبير عن عامل تعدد الأدينيل الأساسي ، CSTF64 ، أثناء تمايز الخلايا B إلى تحويل استخدام PAS إلى موقع المنبع في IgM الثقيلة السلسلة pre-mRNA.

ياو ، سي وآخرون. وظائف متداخلة ومميزة لـ CstF64 و CstF64τ في معالجة mRNA للثدييات 3 ′. RNA 19, 1781–1790 (2013).

لي ، دبليو وآخرون. يكشف التنميط المنهجي للنصوص المتعددة (A) + التي تم تعديلها بواسطة عوامل المعالجة والربط الأساسية 3 عن القواعد التنظيمية للانقسام البديل وعديد الأدينيل. بلوس جينيت. 11، e1005166 (2015).

شيا ، زد وآخرون. تكشف التحليلات الديناميكية لعديد الأدينيل البديل من RNA-seq عن منظر طبيعي 3′-UTR عبر سبعة أنواع من الأورام. نات. كومون. 5, 5274 (2014).

Ji، Z. & amp Tian، B. إعادة برمجة 3 مناطق غير مترجمة من الرنا المرسال عن طريق مادة عديد الأدينيل البديلة في توليد خلايا جذعية متعددة القدرات من أنواع خلايا مختلفة. بلوس واحد 4، e8419 (2009).

لاكفورد ، ب. وآخرون. ينظم Fip1 حمض ثنائي أدينيل بديل مرنا لتعزيز التجديد الذاتي للخلايا الجذعية. EMBO J. 33, 878–889 (2014).

Martin ، G. ، Gruber ، A. R. ، Keller ، W. & amp Zavolan ، M. يكشف التحليل على مستوى الجينوم للمعالجة النهائية قبل mRNA 3 دورًا حاسمًا لعامل الانقسام البشري الأول في تنظيم طول UTR 3. مندوب الخلية. 1, 753–763 (2012).

Gruber، A. R.، Martin، G.، Keller، W. & amp Zavolan، M. عامل الانقسام Im هو منظم رئيسي بطول 3 ′ UTR. RNA بيول. 9, 1405–1412 (2012).

Brown، K.M & amp Gilmartin، G. M. آلية لتنظيم ما قبل mRNA 3 ′ المعالجة بواسطة عامل الانقسام البشري Im. مول. زنزانة 12, 1467–1476 (2003).

يانغ ، كيو ، جيلمارتين ، جي إم أند دوبلي ، س. يلمح هيكل عامل الانقسام البشري Im إلى وظائف تتعدى ارتباط الحمض النووي الريبي الخاص بـ UGUA: دور في تعدد الأدينيل البديل ورابط محتمل لـ 5 السد والربط. RNA بيول. 8, 748–753 (2011).

Masamha، C. P. et al. يربط CFIm25 بديل متعدد الأدينيل بقمع ورم أرومي دبقي. طبيعة سجية 510, 412–416 (2014).

جينارينو ، في.أيه وآخرون. NUDT21- طول التنوعات في عدد النسخ يؤدي إلى أمراض نفسية وعصبية وتغيير وفرة MeCP2 عن طريق بديل متعدد الأدينيل. eLife 4، e10782 (2015).

كون ، يو وآخرون. يتم التحكم في طول الذيل بولي (A) بواسطة بروتين ربط بولي نووي (A) ينظم التفاعل بين بوليميريز بولي (A) وعامل خصوصية الانقسام وعديد الأدينيل. J. بيول. تشيم. 284, 22803–22814 (2009).

جينال ، م وآخرون. يقوم البروتين النووي المرتبط بالبولي (A) - 1 بقمع مواقع الانقسام البديل وعديد الأدينيل. زنزانة 149, 538–553 (2012).

دي كليرك ، إي وآخرون. تؤثر المستويات النووية 1 للبروتين الملزم بولي (أ) على بديل متعدد الأدينيل. الدقة الأحماض النووية. 40, 9089–9101 (2012).

Bresson، S.M & amp Conrad، N.K البروتين النووي البشري الملزم (A) يعزز فرط أدينيل الحمض النووي الريبي (RNA) والاضمحلال. بلوس جينيت. 9، e1003893 (2013).

بوليو ، واي.ب. ، كلاينمان ، سي إل ، لاندري فويير ، إيه إم ، ماجوسكي ، جيه & أمبير باتشاند ، إف.تحكم معتمد على مادة البولي أدينيل لتعبير الحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر عن طريق البروتين النووي المرتبط بالبولي (أ) 1. بلوس جينيت. 8، e1003078 (2012).

Bresson، S.M، Hunter، O. V.، Hunter، A.C & amp Conrad، N.K Canonical poly (A) polymerase activity يعزز تحلل مجموعة واسعة من الرنا النووي للثدييات. بلوس جينيت. 11، e1005610 (2015).

توماس ، بي إي وآخرون. التحكم على نطاق الجينوم في اختيار موقع البولي أدينيل بواسطة CPSF30 in أرابيدوبسيس. الخلية النباتية 24, 4376–4388 (2012).

نيوا ، إم ، روز ، إس دي وأمبيرجيت ، إس إم. في المختبر يتم تحفيز عديد الأدينيل من خلال وجود intron المنبع. تطوير الجينات. 4, 1552–1559 (1990).

Tian، B.، Pan، Z. & amp Lee، J. Y. تشير أحداث عديد الأدينيل متعددة الرنا المرسال في الإنترونات إلى تفاعل ديناميكي بين عديد الأدينيل والربط. الدقة الجينوم. 17, 156–165 (2007).

لوتز ، سي إس وآخرون. يؤدي التفاعل بين بروتين U1 snRNP-A والوحدة الفرعية 160 كيلو دالتون من عامل خصوصية الانقسام متعدد الأدينيل إلى زيادة كفاءة مادة البولي أدينيل في المختبر. تطوير الجينات. 10, 325–337 (1996).

Kyburz ، A. ، Friedlein ، A. ، Langen ، H. & amp Keller ، W. تساهم التفاعلات المباشرة بين الوحدات الفرعية لـ CPSF و U2 snRNP في اقتران المعالجة والتضفير قبل mRNA 3. مول. زنزانة 23, 195–205 (2006).

ميليفوي ، إس وآخرون. التفاعل بين U2AF 65 و CF Im يربط بين آليات التضفير و 3 نهايات المعالجة. EMBO J. 25, 4854–4864 (2006).

جوندرسون ، S. I. ، Polycarpou-Schwarz ، M. & amp Mattaj ، I. W.U1 snRNP يثبط polyadenylation pre-mRNA من خلال تفاعل مباشر بين U1 70K و poly (A) polymerase. مول. زنزانة 1, 255–264 (1998).

كايدا ، د. وآخرون. U1 snRNP يحمي pre-mRNAs من الانقسام المبكر وعديد الأدينيل. طبيعة سجية 468, 664–668 (2010). توضح هذه المقالة نشاطًا عالميًا لـ U1 snRNP في قمع PASs القريب للمروج.

بيرج ، إم جي وآخرون. يحدد U1 snRNP طول mRNA وينظم التعبير الإسوي. زنزانة 150, 53–64 (2012).

Engreitz ، J.M et al. تتيح تفاعلات RNA-RNA استهدافًا محددًا لـ RNAs غير المشفرة إلى مواقع ما قبل mRNA الناشئة ومواقع الكروماتين. زنزانة 159, 188–199 (2014).

Wahl، M.C، Will، C.L & amp Luhrmann، R. The spliceosome: مبادئ تصميم آلة RNP الديناميكية. زنزانة 136, 701–718 (2009).

ديفاني ، إي وآخرون. ينظم الانقسام الداخلي والبولي أدينيل التعبير الجيني أثناء استجابة تلف الحمض النووي من خلال U1 snRNA. اكتشاف الخلية. 2, 16013 (2016).

Licatalosi، D. D. et al. ينتج HITS-CLIP رؤى على مستوى الجينوم في معالجة الحمض النووي الريبي البديل للدماغ. طبيعة سجية 456, 464–469 (2008). هذا هو أول دليل على أن RBP التنظيمي للربط ، NOVA ، يمكنه أيضًا تنظيم APA.

Zheng، D. & amp Tian، B. بروتينات ربط الحمض النووي الريبي في تنظيم الانقسام البديل وعديد الأدينيل. حال. إكسب. ميد. بيول. 825, 97–127 (2014).

Hilgers ، V. ، Lemke ، S. B. & amp Levine ، M. يتوسط ELAV امتداد 3 ′ UTR في ذبابة الفاكهة الجهاز العصبي. تطوير الجينات. 26, 2259–2264 (2012).

Oktaba، K. et al. تم إيقاف روابط ELAV مؤقتًا Pol II مع مادة البولي أدينيل البديلة في ذبابة الفاكهة الجهاز العصبي. مول. زنزانة 57, 341–348 (2015).

تقوم بروتينات Zhu و H. و Zhou و H. J. بيول. تشيم. 282, 2203–2210 (2007).

Dai، W.، Zhang، G. & amp Makeyev، E. V. بروتين رابط لـ RNA ينظم HuR تعبيره تلقائيًا من خلال تعزيز استخدام موقع بديل متعدد الأدينيل. الدقة الأحماض النووية. 40, 787–800 (2012).

تقوم بروتينات ELAV / Hu الخاصة بالخلايا العصبية بتثبيط HuR mRNA أثناء تمايز الخلايا العصبية عن طريق تمايز الأدينيل البديل. الدقة الأحماض النووية. 40, 2734–2746 (2012).

Manley، J.L & amp Tacke، R. SR البروتينات والتحكم في الربط. تطوير الجينات. 10, 1569–1579 (1996).

Howard، J.M & amp Sanford، J.R The RNAissance family: SR البروتينات كمنظم متعدد الأوجه للتعبير الجيني. وايلي Interdiscip. القس RNA 6, 93–110 (2015).

مولر-مكنيكول ، إم وآخرون. بروتينات SR هي محولات NXF1 التي تربط معالجة RNA البديلة بتصدير mRNA. تطوير الجينات. 30, 553–566 (2016).

تران ، دي دي وآخرون. يتحكم THOC5 في 3 ′ معالجة نهائية للجينات المبكرة الفورية من خلال التفاعل مع عامل البولي أدينيل المحدد 100 (CPSF100). الدقة الأحماض النووية. 42, 12249–12260 (2014).

Johnson، S. A.، Kim، H.، Erickson، B. & amp Bentley، D.L. عامل التصدير Yra1 يعدل mRNA 3 ′ نهاية المعالجة. نات. هيكل. مول. بيول. 18, 1164–1171 (2011).

Ling، S.C، Polymenidou، M. & amp Cleveland، D.W. تقارب الآليات في ALS و FTD: RNA المعطل وتوازن البروتين. عصبون 79, 416–438 (2013).

ماسودا ، إيه وآخرون. الارتباط الخاص بالموضع من FUS إلى RNA الناشئ ينظم طول mRNA. تطوير الجينات. 29, 1045–1057 (2015).

شوارتز ، جيه سي وآخرون. يربط FUS CTD لـ RNA polymerase II وينظم الفسفرة في Ser2. تطوير الجينات. 26, 2690–2695 (2012).

هويل ، ج. آي وآخرون. أهداف الحمض النووي الريبي لبروتينات عائلة FET من النوع البري والمتحولة. نات. هيكل. مول. بيول. 18, 1428–1431 (2011).

برودينسيو ، إم وآخرون. ملامح نصوص الدماغ المميزة بتنسيق C9orf72- التصلب الجانبي الضموري المرتبط والمتقطع. نات. نيوروسسي. 18, 1175–1182 (2015).

لي ، واي.بي وآخرون. يتكرر Hexanucleotide في ALS / FTD على شكل بؤر RNA المعتمدة على الطول ، وبروتينات ربط RNA ، وهي سامة للأعصاب. مندوب الخلية. 5, 1178–1186 (2013).

باترا ، ر. وآخرون. يؤدي فقدان MBNL إلى تعطيل مادة عديد الأدينيل البديلة المنظمة تنمويًا في مرض يتوسط فيه الحمض النووي الريبي. مول. زنزانة 56, 311–322 (2014).

Naftelberg، S.، Schor، I. E.، Ast، G. & amp Kornblihtt، A.R. تنظيم التضفير البديل من خلال الاقتران مع بنية النسخ والكروماتين. Annu. القس Biochem. 84, 165–198 (2015).

Yonaha ، M. & amp Proudfoot ، N. في المختبر النظام. مول. زنزانة 3, 593–600 (1999).

Cui، Y. & amp Denis، C. L. في الجسم الحي دليل على أن العيوب في عوامل استطالة النسخ RPB2 و TFIIS و SPT5 تعزز استخدام موقع poly (A) المنبع. مول. زنزانة. بيول. 23, 7887–7901 (2003).

Martincic، K.، Alkan، S. A.، Cheatle، A.، Borghesi، L. & amp Milcarek، C. عامل استطالة النسخ ELL2 يوجه إفراز الغلوبولين المناعي في خلايا البلازما عن طريق تحفيز معالجة RNA المتغيرة. نات. إمونول. 10, 1102–1109 (2009).

بينتو ، ب. إيه وآخرون. حركية RNA polymerase II في بولو اختيار إشارة عديد الأدينيل. EMBO J. 30, 2431–2444 (2011).

Rosonina ، E. ، Bakowski ، M.A ، McCracken ، S. & amp Blencowe ، B. J. تتحكم منشطات النسخ في الربط ومستويات الانقسام 3 ′-end. J. بيول. تشيم. 278, 43034–43040 (2003).

Nagaike ، T. وآخرون. المنشطات النسخية تعزز عديد الأدينيل من سلائف الرنا المرسال. مول. زنزانة 41, 409–418 (2011).

جي ، زد وآخرون. ينظم نشاط النسخ الانقسام البديل وعديد الأدينيل. مول. النظام. بيول. 7, 534 (2011).

ني ، ت. وآخرون. مناظر طبيعية مميزة من مادة البولي أدينيل لأنسجة بشرية متنوعة تم الكشف عنها من خلال استراتيجية PA-seq المعدلة. علم الجينوم BMC 14, 615 (2013).

Glover-Cutter، K.، Kim، S.، Espinosa، J. & amp Bentley، D.L RNA polymerase II يتوقف مؤقتًا ويرتبط بعوامل معالجة pre-mRNA في طرفي الجينات. نات. هيكل. مول. بيول. 15, 71–78 (2008).

Venkataraman، K.، Brown، K. M. & amp Gilmartin، G. M. يكشف تحليل موقع poly noncanonical (A) عن آلية ثلاثية للتعرف على موقع بولي الفقاريات (A). تطوير الجينات. 19, 1315–1327 (2005).

روزنبلات روزين ، أو. وآخرون. يرتبط مثبط الورم Cdc73 وظيفيًا بعوامل معالجة CPSF و CstF 3-mRNA. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 106, 755–760 (2009).

Calvo، O. & amp Manley، J.L. رفقاء غريبون: عوامل تعدد الأدينيل عند المروج. تطوير الجينات. 17, 1321–1327 (2003).

Uhlmann، T.، Boeing، S.، Lehmbacher، M. & amp Meisterernst، M. يؤسس مجال التنشيط VP16 وسيطًا نشطًا يفتقر إلى CDK8 في الجسم الحي. J. بيول. تشيم. 282, 2163–2173 (2007).

يانج ، واي وآخرون. يلعب مجمع PAF أدوارًا جديدة خاصة بالوحدة الفرعية في الانقسام البديل وعديد الأدينيل. بلوس جينيت. 12، e1005794 (2016).

يو ، م وآخرون. ينظم العامل 1 المرتبط بـ RNA polymerase II إطلاق وفسفرة RNA polymerase II المتوقف مؤقتًا. علم 350, 1383–1386 (2015).

جيانغ ، سي. وأم بوغ ، ب.ف. تحديد المواقع النيوكليوزومية وتنظيم الجينات: التقدم من خلال علم الجينوم. نات. القس جينيه. 10, 161–172 (2009).

كابلان ، ن. وآخرون. التنظيم النووي المشفر بالحمض النووي لجينوم حقيقيات النوى. طبيعة سجية 458, 362–366 (2009).

Spies، N.، Nielsen، C.B، Padgett، R.A & amp Burge، C.B. مول. زنزانة 36, 245–254 (2009).

Grosso ، A. R. ، de Almeida ، S.F ، Braga ، J. & amp Carmo-Fonseca ، M. انتقالات ديناميكية في ملفات تعريف كثافة RNA polymerase II أثناء إنهاء النسخ. الدقة الجينوم. 22, 1447–1456 (2012).

لي ، دبليو وآخرون. يربط الانقسام البديل وعديد الأدينيل في تكوين الحيوانات المنوية تنظيم الكروماتين مع التحكم بعد النسخ. BMC بيول. 14, 6 (2016).

Ke، S. et al. غالبية وحدات m 6 A البنائية موجودة في exons الأخيرة ، مما يسمح بإمكانية تنظيم 3-UTR. تطوير الجينات. 29, 2037–2053 (2015).

Eckmann، C.R، Rammelt، C. & amp Wahle، E. التحكم في طول الذيل المتعدد (A). وايلي Interdiscip. القس RNA 2, 348–361 (2011).

شميدت ، إم جيه آند نوربيري ، سي جيه ، تعدد الأدينيل وما بعده: الأدوار الناشئة لبوليميراز بولي (أ) غير الكنسي. وايلي Interdiscip. القس RNA 1, 142–151 (2010).

Mendez، R. & amp Richter، J.D Translational control by CPEB: وسيلة حتى النهاية. نات. القس مول. خلية بيول. 2, 521–529 (2001).

يكشف التنميط الذيل Subtelny، A. O.، Eichhorn، S.W، Chen، G.R، Sive، H. & amp Bartel، D. P. Poly (A) -tail تحولًا جنينيًا في التحكم متعدية. طبيعة سجية 508, 66–71 (2014).

Chang ، H. ، Lim ، J. ، Ha ، M. & amp Kim ، V. N. TAIL-seq: تحديد الجينوم على مستوى طول ذيل بولي (A) وتعديلات 3 نهاية. مول. زنزانة 53, 1044–1052 (2014).

Wang ، K.C & amp Chang ، H. Y. الآليات الجزيئية للحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر. مول. زنزانة 43, 904–914 (2011).

Naganuma ، T. وآخرون. تبدأ المعالجة البديلة الثلاثية للحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر في بناء النمش النووي. EMBO J. 31, 4020–4034 (2012).

هيجز ، دي آر وآخرون. α-Thalassemia الناجم عن طفرة إشارة عديد الأدينلة. طبيعة سجية 306, 398–400 (1983).

براساد ، إم ك وآخرون. عنصر UTR متعدد الأشكال 3 في ATP1B1 ينظم عملية تعدد الأدينيل البديل ويرتبط بضغط الدم. بلوس واحد 8، e76290 (2013).

سينغ ، ب وآخرون. التغيرات العالمية في معالجة mRNA 3 المناطق غير المترجمة تميز أنواعًا فرعية من السرطان المتميزة سريريًا. الدقة السرطان. 69, 9422–9430 (2009).

كريمرز ، إي إي وآخرون. تكشف خرائط عديد الأدينيل على مستوى الجينوم عن تشكيل ديناميكي لنهاية الرنا المرسال في قلب الإنسان الفاشل. سيرك. الدقة. 118, 433–438 (2016).

Soetanto ، R. وآخرون. دور miRNAs وانقسام الرنا المرسال البديل 3′-end و polyadenylation لأهداف mRNA الخاصة بهم في تضخم عضلة القلب. بيوكيم. بيوفيز. اكتا 1859, 744–756 (2016).

بارك ، ج. واي وآخرون. يكشف التحليل المقارن للتعبير الإسوي لـ mRNA في تضخم القلب وتطوره عن وحدات تنظيمية متعددة بعد النسخ. بلوس واحد 6، e22391 (2011).

Hu، J.، Lutz، C. S.، Wilusz، J. & amp Tian، B. تحديد المعلومات الحيوية للمرشح رابطة الدول المستقلة-العناصر التنظيمية المشاركة في مادة عديد الأدينيل mRNA البشري. RNA 11, 1485–1493 (2005).

Cheng، Y.، Miura، R. M. & amp Tian، B. التنبؤ بمواقع تعدد الأدينيل mRNA بواسطة آلة ناقلات الدعم. المعلوماتية الحيوية 22, 2320–2325 (2006).

Nunes، N. M.، Li، W.، Tian، B. & amp Furger، A. يتطلب موقع بولي بشري وظيفي (A) فقط DSE قويًا وتسلسلًا منبعًا غنيًا بـ A. EMBO J. 29, 1523–1536 (2010).

Sheets، M.D، Ogg، S.C & amp Wickens، M. P. في المختبر. الدقة الأحماض النووية. 18, 5799–5805 (1990).

شي ، واي وآخرون. العمارة الجزيئية لمركب معالجة الإنسان قبل mRNA 3. مول. زنزانة 33, 365–376 (2009). يوضح هذا التقرير تفاصيل تنقية مركب البولي أدينيل النشط على الركيزة RNA وتحديد أكثر من 80 بروتينًا أساسيًا وما يرتبط بها.

تشان ، إس إل وآخرون. يرتبط CPSF30 و Wdr33 مباشرة بـ AAUAAA في معالجة mRNA للثدييات 3 ′. تطوير الجينات. 28, 2370–2380 (2014).

شونمان ، ل. وآخرون. إعادة تكوين CPSF النشط في مادة البولي أدينيل: التعرف على إشارة polyadenylation بواسطة WDR33. تطوير الجينات. 28, 2381–2393 (2014).

Kaufmann، I.، Martin، G.، Friedlein، A.، Langen، H. & amp Keller، W. Human Fip1 هي وحدة فرعية من CPSF التي ترتبط بعناصر RNA الغنية بـ U وتحفز بوليميريز بولي (A). EMBO J. 23, 616–626 (2004).

Takagaki، Y. & amp Manley، J.L. مول. زنزانة. بيول. 17, 3907–3914 (1997).

Chen ، F. & amp Wilusz ، J. عناصر المصب المساعدة مطلوبة من أجل polyadenylation الفعال للثدييات pre-mRNAs. الدقة الأحماض النووية. 26, 2891–2898 (1998).

ماندل ، سي آر وآخرون. عامل تعدد الأدينيل CPSF-73 هو نوكلياز داخلي قبل معالجة الرنا المرسال 3′. طبيعة سجية 444, 953–956 (2006).

باي واي وآخرون. التركيب البلوري للمورين CstF-77: ارتباط ثنائي الأبعاد وآثاره على تعدد الأدينيل لسلائف الرنا المرسال. مول. زنزانة 25, 863–875 (2007).

Yang ، Q. ، Gilmartin ، G.M & amp Doublié ، S. الأساس الهيكلي للتعرف على UGUA بواسطة بروتين Nudix CFIm25 والآثار المترتبة على الدور التنظيمي في معالجة mRNA 3. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 107, 10062–10067 (2010).

Hunt ، A. G. ، Xing ، D. & amp Li ، Q. Q. عوامل تفاعل البولي أدينيل النباتية: الحفظ والتنوع في مجمع polyadenylation في النباتات. علم الجينوم BMC 13, 641 (2012).

Zhang ، H. ، Lee ، J. Y. & amp Tian ، B. بديل متعدد الأدينيل المتحيز في الأنسجة البشرية. جينوم بيول. 6، R100 (2005). هذا هو أول عرض يوضح أن الأشكال الإسوية التي تستخدم PASs القريبة والبعيدة يتم التعبير عنها بالتحيز في أنسجة معينة ، على سبيل المثال في الدماغ والدم.

Beaudoing، E. & amp Gautheret، D. تحديد مواقع عديد الأدينيل البديلة وتحليل توزيع أنسجتها باستخدام بيانات EST. الدقة الجينوم. 11, 1520–1526 (2001).

Lianoglou، S.، Garg، V.، Yang، J.L، Leslie، C. S. & amp Mayr، C. تستخدم الجينات المنسوخة في كل مكان بولي أدينيل بديل لتحقيق تعبير خاص بالأنسجة. تطوير الجينات. 27, 2380–2396 (2013).

ليو ، د. وآخرون. الاختلاف المنهجي في إشارات معالجة mRNA 3′ أثناء تكوين الحيوانات المنوية للفأر. الدقة الأحماض النووية. 35, 234–246 (2007).

سمبيرت ، ب وآخرون. الأنماط العالمية للبولي أدينيل البديل الخاص بالأنسجة في ذبابة الفاكهة. مندوب الخلية. 1, 277–289 (2012).

يكشف تحليل النشوء والتطور لمواقع ارتباط الحمض الريبي النووي متعدد الأدينيل عن دور العناصر القابلة للنقل في تطور نهاية الجينات 3′. الدقة الأحماض النووية. 36, 5581–5590 (2008).

شيبرد ، ب.جيه وآخرون. منظر طبيعي معقد وديناميكي لعديد الأدينيل RNA تم الكشف عنه بواسطة PAS-Seq. RNA 17, 761–772 (2011).

داي ، دبليو وآخرون. آلية ما بعد النسخ تحدد سرعة التعبير عن الجينات العصبية مع حالة تمايز الخلايا السليفة. نات. كومون. 6, 7576 (2015).

داس ، ب. وآخرون. يتسبب فقدان بروتين عديد الأدينيل τCstF-64 في حدوث عيوب في تكوين الحيوانات المنوية وعقم عند الذكور. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 104, 20374–20379 (2007).

Sartini، B. L.، Wang، H.، Wang، W.، Millette، C.F & amp Kilpatrick، D.L Pre-messenger RNA cleavage factor I (CFIm): بيول. ريبرود. 78, 472–482 (2008).

Soumillon، M. et al. المصدر الخلوي وآليات التعقيد العالي للنسخة في خصية الثدييات. مندوب الخلية. 3, 2179–2190 (2013).

تشانغ ، ب. وآخرون. انقسام MIWI و piRNA بوساطة الحمض النووي الريبي الرسول في خصيتين الفأر. دقة الخلية. 25, 193–207 (2015).

جوه ، دبليو إس وآخرون. ينظم الانقسام الموجه من الحمض النووي الريبي للنصوص الانتصافية تكوين الحيوانات المنوية. تطوير الجينات. 29, 1032–1044 (2015).

Watanabe، T.، Cheng، E.C، Zhong، M. & amp Lin، H. Retrotransposons and pseudogenes تنظم mRNAs و lncRNAs عبر مسار piRNA في السلالة الجرثومية. الدقة الجينوم. 25, 368–380 (2015).

باو ، ج. وآخرون. يعد مسار تحلل الرنا المرسال الذي يعتمد على هراء المعتمد على UPF2 ضروريًا لتكوين الحيوانات المنوية عن طريق القضاء الانتقائي على النصوص الأطول 3 ′ UTR. بلوس جينيت. 12، e1005863 (2016).

فانورجاكيس ، جي ، ليش ، إم ، أكبينار ، إم ، داهل ، إيه آند جيسبرجر ، آر. بروتين الجسم الكروماتويد TDRD6 يدعم 3 ′ UTR الذي تسبب في هراء بوساطة تسوس الرنا المرسال. بلوس جينيت. 12، e1005857 (2016).

جروبر ، إيه آر وآخرون. التقصير العالمي 3 ′ UTR له تأثير محدود على وفرة البروتين في تكاثر الخلايا التائية. نات. كومون. 5, 5465 (2014).

فو ، واي وآخرون. التنميط التفاضلي على مستوى الجينوم للترادف 3 UTR بين سرطان الثدي البشري والخلايا الطبيعية عن طريق التسلسل عالي الإنتاجية. الدقة الجينوم. 21, 741–747 (2011).

موريس ، إيه آر وآخرون. الانقسام البديل وعديد الأدينيل أثناء تطور سرطان القولون والمستقيم. كلين. الدقة السرطان. 18, 5256–5266 (2012).

فلافيل ، إس دبليو وآخرون. يكشف التحليل على مستوى الجينوم لبرنامج النسخ MEF2 عن جينات مستهدفة متشابكة واختيار موقع متعدد الأدينيل المعتمد على النشاط العصبي. عصبون 60, 1022–1038 (2008).

تشانغ ، جيه دبليو وآخرون. تقصير mRNA 3′-UTR هو توقيع جزيئي لتنشيط mTORC1. نات. كومون. 6, 7218 (2015).


امتصاص مرنا

ليتم ترجمتها واستنباط استجابة مناعية خاصة بمستضد معين ، يجب أن يصل لقاح mRNA إلى العصارة الخلوية للخلايا المستهدفة. ومع ذلك ، على عكس لقاحات الحمض النووي ، فإن لقاحات الحمض النووي الريبي (RNA) يجب أن تعبر غشاء البلازما فقط ، ولكن ليس الغلاف النووي الذي قد يحسن احتمالية النجاح في تعداء الجسم الحي. 60 في وقت مبكر من عام 1990 ، تم إثبات امتصاص خلايا عضلات الفأر للـ mRNA عند الحقن البسيط ، أي دون أي مساعدة إضافية من أنظمة التوصيل الخاصة. 61 في وقت لاحق ، أكدت العديد من الدراسات أن الرنا المرسال العاري المُدار محليًا يتم امتصاصه بواسطة الخلايا في الأنسجة المستهدفة. 8 ، 62 - 65 الآلية التي يدخل بها الرنا المرسال العاري إلى الخلايا ظلت غير واضحة في البداية. ومع ذلك ، فإن توضيح وفهم طريق الامتصاص مهم لتسهيل تطوير لقاحات mRNA أكثر كفاءة.

حقق عدد كبير من الدراسات في الدخول الخلوي للأحماض النووية. نظر معظمهم في مسارات امتصاص الحمض النووي الريبي ، أو أليغنوكليوتيدات الحمض النووي ، أو سيرنا أو الرنا المزدوج الجديلة الطويلة وظهرت صورة معقدة. دخلت الجزيئات إلى الخلايا عن طريق آليات يتم التحكم فيها بالانتشار أو مسارات خلوية متنوعة ، غالبًا ما تعتمد بشدة على نوع الخلية أو الأنواع المعنية ، وكثيراً ما أظهرت توطينًا حويصليًا ، أي انحباس في مقصورات الالتقام أو الليزوزومات. 66-73 ومع ذلك ، يختلف mRNA عن هذه الأنواع من الجزيئات بسبب توليفة فريدة من المعلمات الفيزيائية والكيميائية والهيكلية. على عكس الحمض النووي ، يحتوي mRNA على uridine بدلاً من deoxythymidine ، ويعتمد بشكل تفضيلي على C3 & # x02032-endo وهو هيدروكسيل عند 2 & # x02032-موضع الريبوز. تسمح الطبيعة أحادية الجديلة للـ mRNA بالانحناء إلى هياكل ثانوية وثالثية معقدة ، غير معروفة تمامًا من جزيئات DNA و RNA مزدوجة الشريطة ، على التوالي. أخيرًا ، فإن طوله من بضع مئات إلى عدة آلاف من النيوكليوتيدات يميز الرنا المرسال عن الرناوات الأخرى أحادية الشريطة مثل الرنا المضاد أو الأبتاميرات.

تم الحصول على أول نظرة ثاقبة لآلية امتصاص الرنا المرسال العاري من خلال دراسة على فأر تبحث في الإعطاء داخل الأدمة عن طريق الحقن. 8 تبين أن الدخول المحلي إلى خلايا الأدمة التي لم تكن عبارة عن خلايا تقديم مستضد احترافية (pAPCs) قابلة للإشباع وقابلة للتحسين بالكالسيوم ومرتبطة بحركة الحويصلات. كشف العمل الأكثر تفصيلاً في المختبر أن امتصاص الرنا المرسال العاري هو ظاهرة منتشرة بين الخلايا الأولية وخطوط الخلايا من أنواع متنوعة. 74 أكدت هذه الجهود تشبع الامتصاص وأثبتت أنه يعتمد أيضًا على درجة الحرارة والجرعة. يبدو أن معظم الرنا المرسال يدخل الخلايا عبر أطواف الكهوف / الدهون ، 74 على الأرجح بوساطة (أ) مستقبلات الزبال المعروفة بتركيزها في الكهوف وتفضيل التعرف على الجزيئات الكبيرة سالبة الشحنة وتسهيلها. 75 - 78

إلى حدٍ ما ، يبدو أن كثرة الخلايا الكبيرة تشارك أيضًا في امتصاص الرنا المرسال لخلايا أولية وخطوط خلوية مختلفة. 74 على النقيض من ذلك ، يبدو أن كثرة الخلايا الكبرية يهيمن على امتصاص الرنا المرسال بواسطة الخلايا المتغصنة عند الحقن داخل العقدة. 79 تصبح الصورة أكثر تعقيدًا عند النظر إلى لقاحات الرنا المرسال المركبة. على سبيل المثال ، لقاح مكون من عنصرين تم تطويره مؤخرًا يتكون من mRNA العاري ومعقد البروتامين يكشف عن طرق وحركية مختلفة لامتصاص المكونين ، على الرغم من أنه يتم تناولهما عبر مسار داخل الجسم. 9 ، 80

يعتبر امتصاص mRNA والتعبير عنه في الجسم الحي فعالاً للغاية (أكثر كفاءة من الامتصاص التلقائي للخلايا في المختبر) ويمكن مقارنته حتى مع الخلايا المنقولة في المختبر في ظل الظروف المثلى. 8 ، 61 جزئيًا ، قد يساهم الضغط الهيدروديناميكي في تعداء الخلايا المستهدفة في حالة الحقن الموضعي 81 كما هو الحال عند الإعطاء في الوريد. 82 ومع ذلك ، فإن العلاقة بين الضغط وكفاءة تعداء / تعبير البروتين قد لا تكون خطية ولكنها تظهر أفضل. 83 على أي حال ، يبدو أن كمية كبيرة من الرنا المرسال تبقى عالقة في الحويصلات الداخلية. ومن ثم ، فإن لقاحات الرنا المرسال قد تستفيد بقوة من الأساليب التي تزيد من جزء الرنا المرسال الذي يصل إلى العصارة الخلوية.


يعزز MiR-221 هجرة خلايا سرطان الخلايا الكبدية عن طريق استهداف PHF2

تشارك MicroRNAs (MiRNAs) ، التي تنظم التعبير الجيني الذي يؤدي إلى تثبيط انتقالي أو تدهور mRNA ، في التسرطن وتطور الورم. أظهرت الدراسات السابقة أن miR-221 كان واحدًا من أكثر جزيئات الحمض النووي الريبي (miRNA) التي يتم التعبير عنها بشكل مفرط في العديد من أنواع السرطان. ومع ذلك ، فإن دور miR-221 في تطور سرطان الكبد البشري لم يتم توضيحه بالكامل بعد. تم الكشف عن مستويات miR-221 وتعبيرات إصبع المجال المنزلي 2 (PHF2) في أنسجة سرطان الخلايا الكبدية البشرية (HCC) وخطوط الخلايا باستخدام النشاف الغربي والكمي في الوقت الحقيقي PCR (qRT-PCR). تمت دراسة هجرة الخلايا باستخدام فحوصات ترانسويل.تم استخدام نظام مراسل ثنائي لوسيفيراز للتحقق من صحة الجين المستهدف لـ miR-221. أشارت النتائج إلى أن miR-221 عزز هجرة الخلايا HCC. من خلال إجراء تحليلات المعلومات الحيوية المنهجية اللاحقة ، وجدنا أن PHF2 كان الجين المستهدف لـ miR-221 وتم التحقق من صحة العلاقة المباشرة بشكل أكبر عن طريق اختبار مراسل ثنائي لوسيفيراز. بالإضافة إلى ذلك ، عزز التعبير الأقل عن PHF2 هجرة الخلايا HCC وربطها بالبقاء على قيد الحياة بشكل عام أسوأ في مرضى سرطان الكبد. أخيرًا ، تم تأكيد الارتباط السلبي بين مستويات التعبير miR-221 و PHF2 في عينات HCC. مجتمعة ، تشير النتائج التي توصلنا إليها إلى أن miR-221 يمكن أن يكون مرشحًا محتملاً لعلاجات ورم خبيث HCC.

1 المقدمة

سرطان الخلايا الكبدية (HCC) هو خامس سرطانات شائعة وثالث سبب رئيسي للوفيات المرتبطة بالسرطان في جميع أنحاء العالم ، ويعتبر أحد أكثر أنواع السرطان شيوعًا مع سوء التشخيص [1]. نظرًا للتطور السريع لتكنولوجيا التسلسل ، هناك فهم متزايد للآليات الجزيئية التي تؤدي إلى تسرطن سرطان الكبد. ركزت الدراسات السابقة بشكل كبير على دراسة طفرات الحمض النووي وتغيرات التعبير الجيني في سرطان الكبد [2]. علاوة على ذلك ، ترتبط طفرات الحمض النووي الريبي وتغيير نسخ الرنا المرسال أيضًا ببدء وتطور سرطان الكبد.

MicroRNAs (miRNAs) عبارة عن رنا صغيرة غير مشفرة تحتوي على ما يقرب من 22 نيوكليوتيد يمكن أن تلعب أدوارًا تنظيمية مهمة في النباتات والحيوانات من خلال استهداف mRNAs لقمع متعدية [3]. تم تحديد ما يزيد عن 2000 miRNAs لتنظيم مجموعة متنوعة من نسخ ترميز البروتين [4]. من خلال تعديل التعبير الجيني عبر آليات ما بعد النسخ ، تُعرف الجزيئات الجزيئية الآن بأنها لاعبون حيويون في دورة الخلية ، والتمايز ، وموت الخلايا المبرمج ، وتكوين الأورام [5]. علاوة على ذلك ، تم تحديد miRNAs ليكون مرتبطًا بتنظيم الانتقال الظهاري واللحمة المتوسطة ورم خبيث للورم من خلال استهداف الجينات المهمة [6 ، 7]. غالبًا ما يتم التعبير عن MiR-221 ، المشفر بواسطة كروموسوم بشري Xp11.3 ، بشكل غير طبيعي ويرتبط بتنظيم الجينات المسرطنة أو الجينات المثبطة للورم. من بين العديد من الجزيئات المجهرية ، تم التعرف مؤخرًا على زيادة تنظيم miR-221 في أنواع عديدة من السرطانات البشرية [8 ، 9]. وبالتالي ، فإن تحديد وظيفة miR-221 وأهدافها يمكن أن يوفر وصولًا جديدًا إلى علاج السرطان.

كان الهدف من دراستنا هو التحقيق في تعبير miR-221 في خلايا وأنسجة سرطان الكبد ومراقبة التغيرات في قدرة هجرة خلايا سرطان الكبد بعد اختلاف تعبير miR-221. كشفت بياناتنا ، لأول مرة ، عن دور تكوين الأورام لـ miR-221 في HCC وحددت إصبع المجال الجيني المستهدف 2 (PHF2). PHF2 ، الذي يرسم خرائط للكروموسوم البشري (Chr) 9q22 [10] ، هو عضو في عائلة KDM7 هيستون demethylase التي تحتوي على المجال المنزلي للنبات (PHD) في النطاق الطرفي Jumonji-C و N [11]. والجدير بالذكر أن الدراسات السابقة أشارت إلى أن PHF2 يعمل كمثبط للسرطان عن طريق تنظيم البروتين p53 في أنسجة سرطان القولون [12]. ومع ذلك ، لا يزال دور PHF2 في HCC قيد التحقيق. في دراستنا ، أظهرنا أن miR-221 عزز هجرة خلايا سرطان الكبد عن طريق استهداف PHF2 ويمكن أن يكون هدفًا جديدًا لعلاجات سرطان الكبد. مجتمعة ، قد توفر نتائجنا استراتيجية حاسمة للعلاج الموجه والتنبؤ بسرطان الكبد.

2. المواد والأساليب

2.1. المرضى والعينات

تم جمع 60 مريضًا مصابًا بسرطان الخلايا الكبدية ممن خضعوا لعملية استئصال من المستشفى التابع لجامعة يانغتشو بين عامي 2014 و 2017. وتألفت المصفوفة الدقيقة للأنسجة (TMA) من 60 حالة جراحية أنتجها المركز الهندسي الوطني للرقاقة الحيوية (شنغهاي ، الصين). المعلمات الإكلينيكية للمرضى بما في ذلك قطر الورم ، والجنس ، والعمر ، ومرحلة TNM ، ورم خبيث في العقدة الليمفاوية ، وعمق الغزو. تم الحصول على هذه البيانات من السجل الطبي للمستشفى التابع لجامعة Yangzhou. تم الحصول على بيانات متابعة سريرية لمدة 3 سنوات لـ 60 مريضًا من منطقة Yangzhou. متوسط ​​وقت المتابعة هو 20 شهرًا. وتشمل حالات TMA 2 من المرضى الذين فقدوا المتابعة. تم جمع جميع الأنسجة لهذه الدراسة بموافقة مستنيرة من المرضى. وقد تمت الموافقة على دراسة العينات البشرية من قبل مجلس المراجعة للمستشفى التابع لجامعة Yangzhou.

2.2. عينات الأنسجة

تم الحصول على 36 مريضًا يعانون من أنسجة سرطان الخلايا الكبدية المتوافقة تشريحًا (HCT) من أول مستشفى تابع لجامعة يانغتشو. تم جمع الأنسجة السرطانية والأنسجة السرطانية المجاورة من المرضى. تم الحصول على جميع العينات وقت الجراحة وتم تجميدها في النيتروجين السائل على الفور. تمت الموافقة على هذا التحقيق من قبل لجنة الأخلاقيات الطبية بجامعة Yangzhou وتم الحصول على موافقة مستنيرة من المرضى قبل التوظيف.

2.3 الكيمياء المناعية

تم إجراء الكيمياء الهيستولوجية المناعية باستخدام مجموعة معقد avidin biotinylated-HRP (ABC) القياسي (Zhongshan biotech ، بكين ، الصين) باتباع طريقة ABC. تم تحضين القصاصات بجسم مضاد لـ PHF2 (1: 1000) (abcam) طوال الليل عند 4 درجات مئوية ، واستخدم ديامينوبنزيدين (DAB Zhongshan Biotech ، بكين ، الصين) لتحويل ترسيب بني. تم تقييم النشاط المناعي بشكل أعمى من قبل ثلاثة علماء أمراض باستخدام المجهر الضوئي (مجهر الضوء أوليمبوس BX-51) ، وتم جمع الصورة بواسطة كاميرا Camedia Master C-3040 الرقمية. تم تصنيف مستوى PHF2 على أنه مرتفع عندما أظهرت ≧ 5٪ من الخلايا السرطانية إيجابية مناعية. اعتبرت الخزعات التي تحتوي على & lt5٪ الخلايا السرطانية المناعية منخفضة.

2.4 خطوط الخلايا والثقافة

تم الحصول على خطوط خلايا HCC SMMC-7721 و Bel-7402 و MHCC97 و HepG2 من مجموعة الثقافة الأمريكية (ATCC). تم الحصول أيضًا على خلايا HL-7702 الكبدية البشرية الطبيعية من ATCC. تمت زراعة خلايا HL-7702 و SMMC-7721 و Bel-7402 في RPMI-1640 (GIBCO ، الولايات المتحدة). تمت زراعة خلايا HepG2 و MHCC97 في DMEM (GIBCO ، الولايات المتحدة). كانت وسائط الاستزراع في الهواء المرطب مع 5 ٪ من ثاني أكسيد الكربون عند 37 درجة مئوية ، مع 10 ٪ من مصل بقري جنيني و 1 ٪ ستربتومايسين / بنسلين.

2.5 لطخة ويسترن

بعد تعداء ، تم حصاد الخلايا من الصفائح. تم فصل البروتينات المكافئة بواسطة 10٪ SDS polyacrylamide electrophoresis (SDS-PAGE) ، ثم تم نقل البروتينات إلى أغشية PVDF. بعد الحضانة طوال الليل عند 4 درجات مئوية مع الأجسام المضادة الأولية المناسبة ، تم فحص الأغشية بجسم مضاد ثانوي مترافق مع بيروكسيداز الفجل (1: 2000) لمدة ساعتين عند درجة حرارة الغرفة. تم الكشف عن الغشاء بواسطة محلول اللمعان الكيميائي المحسن (ECL) وتم مسحه ضوئيًا على نظام تحليل التصوير الإشعاعي الكيميائي (Tanon Biotechnology ، شنغهاي ، الصين). تم تكرار كل لطخة غربية ثلاث مرات.

2.6. استخراج الحمض النووي الريبي والكمي في الوقت الحقيقي PCR (qRT-PCR)

بعد تعداء الخلية ، تم استخراج الحمض النووي الريبي الخلوي من خطوط الخلايا أو الأنسجة باستخدام كاشف TRIzol (Sigma). ثم تم نسخ الحمض النووي الريبي إلى (كدنا) بواسطة PrimeScript RT master Mix (تاكارا ، داليان ، الصين) باتباع البروتوكولات المقابلة. تم تنفيذ qRT-PCR باستخدام مجموعة SYBR GREEN MIX (Promega ، ماديسون ، الولايات المتحدة الأمريكية) المطابقة لتعليمات الشركة المصنعة. تم إجراء الكشف عن qRT-PCR باستخدام نظام ABI 7500 FAST Real-Time PCR. تم استخدام GAPDH للتحكم في التحميل. تم حساب المستوى النسبي باستخدام معادلة القياس الكمي النسبي (RQ) =

2.7. فحوصات التئام الجروح

نمت خلايا SMMC-7721 إلى نسبة 80 ٪ في 6 لوحات جيدة أصيبت بخدش طبقة أحادية الخلية مع 200 معقمة ميكرومترل طرف ماصة. تم جمع صور تباين الطور في نفس المجال في الفترات الزمنية المحددة (0 ، 24 ، و 48 ساعة) باستخدام المجهر الرقمي من نيكون بتكبير × 100. أجريت التجارب على ثلاث مرات.

2.8. فحوصات ترحيل الخلايا

تم إجراء فحوصات هجرة الخلايا بواسطة لوحات معدلة من غرفتين بحجم مسام 8 ميكرومترم. تم زرع الخلايا في وسط خالٍ من المصل في الغرفة العلوية بكثافة 1 × 10 5 خلية / بئر. بعد 24 ساعة من الحضانة في 37 درجة مئوية ، تم إصلاح الخلايا في ميثانول وملطخة باللون الأزرق التريبان. تمت إزالة الخلايا الموجودة في الغرفة العلوية بعناية باستخدام قطعة قطن وتم عد الخلايا التي اجتازت الغشاء تحت المجهر في خمسة مجالات. تم إجراء التحليل ثلاث مرات.

2.9 فحص تقرير Luciferase المزدوج

تم استنساخ مناطق ربط MiRNA لـ PHF2 لـ miR-221-3p في 3′-UTR في متجه GP-miRGLO luciferase miRNA. تم زرع خلايا SMMC-7721 في 24 طبقًا بكثافة 5 × 10 4 خلايا لكل بئر وتم نقلها باستخدام بلازميدات مراسل لوسيفيراز من النوع البري أو متحولة بتركيز 50 نانومول / لتر. بعد 24 ساعة من الحضانة ، تم قياس نشاط لوسيفيراز بواسطة نظام مراسل ثنائي لوسيفيراز (Promega ، Fitchburg ، WI ، الولايات المتحدة الأمريكية).

2.10. تحليل احصائي

تم إجراء التحليل الإحصائي بواسطة برنامج SPSS 16.0 وتم الحصول على الصور باستخدام برنامج GraphPad Prism 5. برنامج الكشف عن التدرج الرمادي هو Image J. تظهر البيانات على أنها متوسط ​​± الانحراف المعياري (SD). كانت تحليلات الارتباط تستخدم تحليلات ارتباط بيرسون ، وتم تقييم الفروق بين المجموعات باستخدام اختبار الطالب T أو ANOVA أحادي الاتجاه. بالنسبة للتحليل الحراري الميكانيكي (TMA) ، تم تقييم العلاقة بين PHF2 والعوامل الإكلينيكية المرضية لمرضى سرطان الكبد بواسطة χ2 اختبار. تم استخدام طريقة Kaplan-Meier واختبار ترتيب السجل لتقييم العلاقة بين تعبير PHF2 وبقاء المريض. تم تحديد P & lt0.05 على أنها ذات دلالة إحصائية (

3. النتائج

3.1. يتم زيادة التعبير MiR-221 في خطوط الخلايا والأنسجة HCC

للتحقيق في مستوى mRNA لـ miR-221 في خطوط خلايا HCC ، تم إجراء qRT-PCR وأظهرت النتائج أن مستويات miR-221 mRNA في خطوط خلايا HCC كانت أعلى من خلايا الكبد الطبيعية البشرية (HL-7702) (الشكل 1 (أ) ). علاوة على ذلك ، وجدنا أيضًا أن مستويات miR-221 كانت أعلى في أنسجة سرطان الكبد (T) عنها في الأنسجة غير السرطانية المجاورة (N) (ن = 36 ، الشكل 1 (ب) ، الشكل التكميلي 1). أظهرت النتائج أن التعبير الأعلى miR-221 كان مرتبطًا بشكل واضح بسرطان الكبد. وبالتالي ، استخدمنا خلايا HCC لفحص دور miR-221 في هجرة الخلايا. علاوة على ذلك ، أظهرنا ارتباط التعبير النسبي عن miR-221 بالسمات الإكلينيكية المرضية لمرضى سرطان الكبد في الجدول 1. أظهرت النتائج أن تعبير miR-221 في مرضى سرطان الكبد مع حجم الورم (≤7 سم) ، وحالة pN (p.

) أو كانت المرحلة الثانية من TNM أقل بشكل واضح من حجم الورم (& GT7 سم) ، pN2-pN3 أو TNM المرحلة III-IV (p & lt 0.05). لم يتم العثور على التعبير النسبي عن miR-221 ليكون مرتبطًا بالعمر أو الجنس أو حالة pT أو مستويات AFP في مصل مرضى سرطان الكبد (p & gt 0.05). لذلك ، يتم زيادة تعبير miR-221 في أنسجة سرطان الكبد وله علاقة واضحة بخصائص مرضى سرطان الكبد.

3.2 MiR-221 يعزز ترحيل خطوط الخلايا HCC

للتحقق مما إذا كانت miR-221 مرتبطة بهجرة خلايا HCC ، نقوم بفحص تأثير miR-221 على التئام جروح الخلية. وجدنا أن الخلايا المصابة بالعدوى المنقولة miR-221 أظهرت مسافة أطول من التحول بينما أظهرت المجموعات المصابة بالعدوى المنقولة عن طريق miR-221 تحولًا أقصر عند مقارنتها بمجموعة التحكم السلبية ذات الصلة (الشكل 1 (ج)). أظهرت البيانات أن miR-221 عزز قدرة خلايا سرطان الخلايا الكبدية على التئام الجروح. قمنا بعد ذلك بالتحقيق في تأثير miR-221 على ترحيل خطوط خلايا HCC ووجدنا أن خلايا SMMC-7721 المنقولة من miR-221 عززت عدد الخلايا التي تخترق الإدخالات. في المقابل ، قلل تثبيط miR-221 من قدرات خلايا SMMC-7721 لاختراق الإدخالات (الشكل 1 (د)). كشفت النتائج أن miR-221 يمكن أن يعزز هجرة الخلايا في خلايا SMMC-7721.

3.3 يؤثر MiR-221 على الجينات المرتبطة بالورم الخبيث

للتحقيق في تأثير miR-221 على هجرة الخلايا ، أجرينا تحليلات جزيئية لاكتشاف التعبير عن بعض الجينات المرتبطة بالورم الخبيث. أظهرت نتائجنا أن miR-221 قلل من تنظيم التعبير عن العلامة الظهارية (E-cadherin) في مستويات mRNA في خلايا SMMC-7721 ، بينما أدى anti-miR-221 إلى نتائج معاكسة (الشكل 2 (أ)). وفي الوقت نفسه ، تم زيادة مستوى الرنا المرسال لعلامة اللحمة المتوسطة (N-cadherin) عندما تم نقل خلايا سرطان الكبد باستخدام miR-221. و anti-miR-221 قلل من التعبير عن N-cadherin في مستويات mRNA (الشكل 2 (ب)). علاوة على ذلك ، كان لـ miR-221 نفس التأثير على E-cadherin و N-cadherin في مستويات البروتين (الشكلان 2 (ج) و 2 (د)). تم التعرف على أن عوامل النسخ التي تنتقل من الظهارة إلى اللحمة المتوسطة (EMT) تلعب دورًا مهمًا في عملية EMT للخلايا السرطانية. أجرينا لطخة غربية للتحقق من عوامل النسخ EMT التي تنظمها miR-221. وأظهرت النتائج أن miR-221 ينظم بشكل إيجابي عوامل النسخ EMT Snail and Slug (الشكل التكميلي 2). تشير هذه البيانات إلى أن miR-221 قد أثر بشكل كبير على التعبير عن عوامل النسخ EMT والمؤشرات الحيوية. مجتمعة ، miR-221 لها تأثير حاسم على هجرة خلايا سرطان الكبد.

3.4. PHF2 هو جين مستهدف من طراز miR-221

لم يتم توضيح آلية الهجرة التي تنظمها miR-221 بشكل جيد. ثم وجدنا جينات مفترضة قد تنظمها أنظمة المعلوماتية الحيوية miR-221. تم إجراء تحليل المعلومات الحيوية في خوارزميتين للتنبؤ عبر الإنترنت miRDB (//www.mirdb.org/) و TargetScan (//www.targetscan.org/) لتحديد الجينات المستهدفة miR-221. من بين هذه الجينات كان جين PHF2 هدفنا المتقدم. أظهرت النتائج أن miR-221 قلل بشكل ملحوظ من تعبير البروتين PHF2 في خلايا SMMC-7721. على العكس من ذلك ، زاد anti-miR-221 بشكل كبير من مستوى البروتين في PHF2 (الشكل 3 (أ)). في qPCR ، أشارت بياناتنا إلى أن مستويات PHF2 mRNA التي تم تنظيمها من miR-221 في خلايا SMMC-7721 ، في حين أن anti-miR-221 أدى إلى نتائج معاكسة (الشكل 3 (ب)). للتحقق مما إذا كان PHF2 هو جين مستهدف لـ miR-221 ، أنشأنا متجهات مراسل luciferase المزدوجة التي تحتوي على شظايا من نوع الطفرة (Mut) أو النوع البري (WT) من PHF2 3′-UTR. أظهرت نتائج فحص مراسل لوسيفيراز المزدوج أن miR-221 يثبط نشاط لوسيفيراز في خلايا سرطان الكبد (HCC) المنقولة بـ WT (الشكل 3 (ج)). أظهرت هذه النتائج أن PHF2 3′-UTR هو هدف miR-221 في خلايا سرطان الكبد.

3.5 PHF2 يمنع ترحيل خلايا سرطان الكبد

لاستكشاف دور PHF2 في خطوط الخلايا HCC ، تم استخدام تحليلات transwell لفحص هجرة الخلايا. أظهرت البيانات أن ضربة قاضية لـ PHF2 أدت إلى زيادة عدد الخلايا المهاجرة على عكس مجموعة التحكم السلبية. وفي الوقت نفسه ، بعد الإفراط في التعبير عن تعداء PHF2 ، انخفض عدد الخلايا المهاجرة مقارنة بمجموعة التحكم السلبية (الشكل 3 (د)). وبالتالي ، يمكن أن يمنع PHF2 هجرة الخلايا لخلايا سرطان الكبد. لأن PHF2 هو هدف مباشر لـ miR-221 في خلايا HCC ، وهذا مدعوم من خلال دراستنا السابقة أن miR-221 عزز هجرة خلايا HCC و anti-miR-221 قمع هجرة خلايا HCC في المختبر. لاستكشاف دور مسار miR-221-PHF2 في تكوين الأورام HCC ، أجرينا استعادة PHF2 في خلايا miR-221 overexpression. والجدير بالذكر ، أنقذ PHF2 الترويج بوساطة miR-221 للهجرة في خلايا SMMC-7721 (الشكل 3 (هـ)). بشكل جماعي ، أشارت هذه البيانات إلى أن miR-221 يمكن أن يعزز هجرة الخلايا لخلايا HCC عن طريق تقليل تنظيم PHF2.

3.6 دور تعبير miR-221 و PHF2 في سرطان الكبد البشري

أجرينا تلطيخ الكيمياء المناعية لشريحة TMA التي تحتوي على HCC / الأنسجة السرطانية المجاورة ووجدنا أن بروتين PHF2 كان موجودًا في السيتوبلازم (الشكل 4 (أ)). في الأنسجة السرطانية المجاورة ، تم تسجيل نسبة عالية من تلطيخ PHF2 في 66.6٪ (40 من 60 حالة). في أنسجة سرطان الكبد ، لوحظ ارتفاع نسبة PHF2 في 38.3٪ (23 من 60 حالة). تم الكشف عن تعبير أعلى عن PHF2 في الأنسجة السرطانية المجاورة مقارنة بأنسجة السرطان (ص& lt 0.05 ، إقران χ2 اختبار). تعد مرحلة TNM أهم مؤشر تنبؤي لمرضى سرطان الكبد ، لذلك قمنا بفحص ما إذا كان مستوى بروتين PHF2 مرتبطًا بمرحلة TNM. أظهرت نتائجنا زيادة تلطيخ PHF2 في مراحل TNM الثانية مقارنة بالمراحل III-IV (P & lt 0.05 ، مقترنة χ2 اختبار) (الشكل 4 (ب)). علاوة على ذلك ، ارتبط مستوى بروتين PHF2 أيضًا بحالة ورم خبيث في العقدة الليمفاوية ، وعمق الغزو و AFP في الدم (P & lt 0.05 ، مقترنًا χ2 اختبار) (الجدول 2). ومع ذلك ، لم نجد العلاقة بين PHF2 والعوامل الإكلينيكية الأخرى بما في ذلك حجم الورم والعمر والجنس وغزو الأوعية الدموية الدقيقة وخثرة ورم الوريد البابي. تم استخدام البقاء على قيد الحياة بشكل عام لتحليل البقاء على قيد الحياة وبلغت أحداث الوفيات الإجمالية 50. فترة المتابعة 36 شهرًا. أوضح تحليل البقاء على قيد الحياة في كابلان ماير بقاءً عامًا أعلى في مرضى سرطان الكبد مع تعبير PHF2 مرتفع مقارنةً بالمرضى الذين يعانون من انخفاض تعبير PHF2 (P = 0.0437 ، اختبار رتبة السجل) (الشكل 4 (ج)). للتحقيق في مستويات البروتين miR-221 و PHF2 في الجسم الحي ، تم اكتشاف 12 نسيجًا بشريًا لـ HCC بواسطة qRT-PCR. أشارت النتائج إلى وجود علاقة سلبية بين تعبيرات PHF2 و miR-221 (الشكل 4 (د)). علاوة على ذلك ، أجرينا qRT-PCR وأظهرت النتائج أن مستويات PHF2 mRNA في خطوط الخلايا HCC كانت أقل من خلايا الكبد الطبيعية البشرية (HL-7702) (الشكل التكميلي 4). اقترح هؤلاء أن PHF2 كان مرتبطًا سلبًا بـ miR-221 وكان له علاقة واضحة بالمعلمات الإكلينيكية المرضية في أنسجة سرطان الكبد.

4. مناقشة

سرطان الكبد لديه أعلى معدل وفيات باعتباره سرطانًا أوليًا نظرًا لانتشاره الخبيث القوي وانتقاله [13]. يُحسِّن التشخيص المسبق لمرض سرطان الكبد (HCC) إلى حد كبير الفعالية العلاجية لدى المرضى ، ومن ثم فإن الواسمات الحساسة والخاصة أمر بالغ الأهمية [14]. حددت الأبحاث السابقة المؤشرات الحيوية التي تركز بشكل أساسي على البروتينات [15] ومع ذلك ، فقد استحوذت الجزيئات الجزيئية على انتباه الباحثين بسبب التكلفة المنخفضة للتحقق من الصحة كواسمات جزيئية جديدة [16]. علاوة على ذلك ، فإن خلل التنظيم في miRNAs هو حادث عام يؤثر على غزو الخلايا ، والهجرة ، والاستماتة ، والانتشار في تطور الورم [17]. الهدف من دراستنا هو التحقيق في دور miR-221 في سرطان الكبد HCC والمرشح كمؤشر تشخيصي وعلاجي. أظهرت دراستنا أن مستوى miR-221 في سرطان الكبد أعلى من مستوى الخلايا والأنسجة السرطانية المجاورة. أشارت هذه إلى أنه يمكن اعتبار miR-221 علامة بيولوجية في التشخيص المبكر وبالتالي إنشاء استراتيجيات علاج جديدة لـ HCC.

تم تحديد MiR-221 ليكون منظمًا بشكل غير طبيعي في أورام مختلفة ويشارك في تكاثر الخلايا السرطانية وانتقال EMT في سرطانات الثدي [18-21]. ومن ثم ، اكتشفنا الدور البيولوجي لـ miR-221 في خطوط خلايا HCC ، وأظهرت نتائجنا أن miR-221 يمكن أن يعزز بشكل واضح هجرة خلايا HCC ، بينما منع تثبيط miR-221 هجرة الخلايا. تم التعرف على أن الانتقال الظهاري إلى اللحمة المتوسطة (EMT) الذي يمكن أن يحفز ميزات الخلايا الجذعية كان مصحوبًا بزيادة ثابتة في علامات اللحمة المتوسطة المرتبطة بـ EMT وانخفاض في العلامات الظهارية [22 ، 23].أظهرت الدراسات السابقة أن miR-221 زاد من مستوى E-cadherin في خط الخلايا الذي يسببه EMT [23] وتم تقليل تنظيم miR-221 بواسطة عامل النسخ EMT Slug في خلايا سرطان الثدي البشرية [19]. ومع ذلك ، لا يزال يتعين توضيح العلاقة بين miR-221 و N-cadherin في HCC. في دراستنا ، تم زيادة مستوى الرنا المرسال والبروتين في N-cadherin عندما تم نقل خلايا HCC باستخدام miR-221. وفي الوقت نفسه ، يمكن لـ miR-221 تقليل تنظيم تعبير E-cadherin في مستويات البروتين و mRNA. على الرغم من أن miR-221 يمكن أن ينظم مستوى البروتين في E-cadherin ، إلا أن Nassirpour et al. لم يتمكنوا من تحديد تسلسل المطابقة في 3′UTR [24]. لذلك ، لا يمكن أن يكون E-cadherin جينًا مستهدفًا لـ miR-221. ثم حددنا الجينات المستهدفة المحتملة لـ miR-221 باستخدام قواعد بيانات miRDB و TargetScan. تم اختيار الجينات المحسوبة بواسطة الخوارزميات كجينات محتملة لـ miR-221. تم العثور على PHF2 ليكون أكثر واعدة بين المرشحين.

في الآونة الأخيرة ، ثبت أن PHF2 يعمل كمثبط للورم مرتبط بـ p53 في تطور أورام القولون والمعدة [12 ، 25]. وفي الوقت نفسه ، يتم التعبير عن PHF2 بشكل مفرط في سرطان الخلايا الحرشفية المريئي (ESCC) وكان مرتبطًا بانخفاض معدل البقاء على قيد الحياة لمرضى ESCC [26]. ومع ذلك ، فإن ارتباط PHF2 بالآليات الجزيئية الأساسية في خلايا سرطان الكبد غير مفهوم جيدًا. في الدراسة الحالية ، أظهرت النتائج التي توصلنا إليها وجود علاقة سلبية بين PHF2 و miR-221. قلل MiR-221 التعبير عن PHF2 في كل من مستويات الرنا المرسال والبروتين. كما هو مبين في مقايسة مراسل لوسيفيراز ، فإن miR-221 يثبط نشاط لوسيفيراز في خلايا HCC المنقولة WT-PHF2-3′-UTR. أظهر ذلك أن PHF2 3′-UTR كان هدفًا لـ miR-221-3p في خلايا سرطان الكبد. وجدنا أيضًا أن PHF2 تثبط هجرة خلايا HCC وتم اكتشاف تعبير أقل واضح عن PHF2 في أنسجة السرطان مقارنة بالأنسجة السرطانية المجاورة. وفي الوقت نفسه ، ارتبط مستوى البروتين في PHF2 بعمق الغزو ومرحلة TNM وحالة ورم خبيث في العقدة الليمفاوية. علاوة على ذلك ، تحققنا من الارتباط السلبي بين مستوى mRNA لـ miR-221 و PHF2 في مرضى سرطان الكبد السريري من خلال تحليل معامل ارتباط بيرسون. على حد علمنا ، هذه هي الدراسة الأولى التي بحثت في دور PHF2 كجين مستهدف لـ miR-221 في تطوير سرطان الكبد.

مجتمعة ، أظهرت هذه الدراسة أن miR-221 تم تنظيمه في خلايا وأنسجة سرطان الكبد ، وكشفت عن دور الأورام السرطانية في خلايا سرطان الكبد. علاوة على ذلك ، حددنا أيضًا PHF2 باعتباره الجين المستهدف لـ miR-221 في المستويات التجريبية والسريرية. أشارت بياناتنا إلى أن miR-221 شارك في هجرة الخلايا HCC ولعبت أدوارها البيولوجية من خلال تنظيم جين PHF2 في HCC. قد يوفر توصيفنا لمسار الإشارات هذا أهدافًا علاجية جديدة للعلاج المستقبلي لـ HCC.

الاختصارات

ميرناس:MicroRNAs
PHF2:إصبع المجال المنزلي 2
HCC:سرطانة الخلايا الكبدية
الدكتوراه:نباتات منزلية
TMA:ميكروأري الأنسجة
كليات التقنية العليا:أنسجة سرطان الخلايا الكبدية
EMT:الانتقال الظهاري إلى اللحمة المتوسطة
ESCC:سرطان الخلايا الحرشفية المريئي.

توافر البيانات

تم تضمين جميع البيانات ذات الصلة المستخدمة لدعم نتائج هذه الدراسة في المقالة.

تضارب المصالح

أعلن الكتاب أنه لا يوجد تضارب في المصالح.

شكر وتقدير

تم دعم هذا العمل من خلال مشروع Soochow Science and Technology Plan (SYS201676) وصندوق العلوم الطبيعية للكليات والجامعات في مقاطعة Jiangsu (09KJB310017).

المواد التكميلية

الشكل التكميلي 1: نتائج PCR الكمية لمستويات miR-221 mRNA في أنسجة سرطان الكبد (T) والأنسجة غير السرطانية المجاورة (N). تكون مستويات MiR-221 mRNA أعلى في أنسجة سرطان الكبد (T) عنها في الأنسجة غير السرطانية المجاورة (N) (ن = 24). يمثل كل شريط متوسط ​​± SD لثلاث تجارب مستقلة. P & lt0.01. الشكل التكميلي 2: تم استخدام لطخة غربية للكشف عن مستوى بروتينات الحلزون والبطيعة في خلايا miR-221-overexpression و miR-221-knockdown SMMC-7721. الشكل التكميلي 3: الرسوم البيانية التي تعبر عن التدرج الرمادي للأشكال 2C-D. يمثل كل شريط متوسط ​​± SD لثلاث تجارب مستقلة. P & lt0.01. الشكل التكميلي 4: نتائج qRT-PCR لمستويات PHF2 mRNA في خطوط خلايا HCC وخلايا الكبد الطبيعية البشرية. يمثل كل شريط متوسط ​​± SD لثلاث تجارب مستقلة. P & lt0.01. (المواد التكميلية)

مراجع

  1. W. Chen و R. Zheng و P. D. Baade et al. ، "إحصائيات السرطان في الصين ، 2015" كريس: مجلة السرطان للأطباء، المجلد. 66 ، ص 115-132 ، 2016. عرض على: موقع الناشر | منحة جوجل
  2. H.B. El-Serag and K.L Rudolph ، "سرطان الخلايا الكبدية: علم الأوبئة والتسرطن الجزيئي ،" أمراض الجهاز الهضمي، المجلد. 132 ، لا. 7، pp.2557–2576، 2007. عرض على: موقع الناشر | منحة جوجل
  3. D. P. Bartel ، "MicroRNAs: الجينوميات والتكوين الحيوي والآلية والوظيفة" زنزانة، المجلد. 116 ، لا. 2، pp.281–297، 2004. عرض على: موقع الناشر | منحة جوجل
  4. S.L Ameres و P. D. Zamore ، "تنويع تسلسل الحمض النووي الريبي ووظيفته ،" مراجعات الطبيعة بيولوجيا الخلية الجزيئية، المجلد. 14 ، لا. 8، pp.475–488، 2013. عرض على: موقع الناشر | منحة جوجل
  5. Y.-J. بان ، L.-L. وي ، X.-J. وو ، ف. هوو وجي مو ود. Pei ، "MiR-106a-5p يمنع هجرة الخلايا وغزو سرطان الخلايا الكلوية من خلال استهداف PAK5 ،" موت الخلايا وامراض الامبير، المجلد. 8 ، لا. 10 ، معرف المقالة e3155 ، 2017. عرض على: موقع الناشر | منحة جوجل
  6. سي. لام ، إل نج ، أ.ك.م. Chow et al. ، "تحديد microRNA 885-5p كمنظم جديد لورم خبيث الورم عن طريق استهداف CPEB2 في سرطان القولون والمستقيم ،" Oncotarget، المجلد. 8 ، ص 26858-26870 ، 2017. عرض على: الباحث العلمي من Google
  7. B. Ell ، L. Mercatali ، T. Ibrahim et al. ، "يتغير الحمض النووي الريبي الناجم عن الورم كمنظم ومؤشرات حيوية لورم خبيث العظم الانحلالي ،" الخلايا السرطانية، المجلد. 24 ، لا. 4، pp.542–556، 2013. عرض على: موقع الناشر | منحة جوجل
  8. M. Garofalo و C. Quintavalle و G. Romano و C.M Croce و G. Condorelli ، "miR221 / 222 في السرطان: دورهم في تطور الورم والاستجابة للعلاج" الطب الجزيئي الحالي، المجلد. 12 ، لا. 1، pp.27–33، 2012. عرض على: موقع الناشر | منحة جوجل
  9. Q. Wu، X. Ren، Y. Zhang et al.، "MiR-221-3p يستهدف ARF4 ويمنع تكاثر خلايا سرطان المبيض الظهارية وانتقالها" ، الكيمياء الحيوية والبيوفيزيائية تبحث في الاتصالات، المجلد. 497 ، لا. 4 ، ص 1162-1170 ، 2018. عرض على: موقع الناشر | منحة جوجل
  10. K. Hasenpusch-Theil و B.P. Chadwick و T. Theil و S.K Heath و D.G Wilkinson و A.-M. Frischauf ، "PHF2 ، جين أصبع PHD جديد موجود على كروموسوم بشري 9q22 ،" جينوم الثدييات، المجلد. 10 ، لا. 3، pp.294–298، 1999. عرض على: موقع الناشر | منحة جوجل
  11. K. Lee و U. Ju و J. Song و Y. Chun ، "يعزز هيستون ديميثيلاز PHF2 تمايز الخلايا الدهنية باعتباره منشطًا جينيًا لكل من C / EBPalpha و C / EBPdelta ،" الجزيئات والخلايا، المجلد. 37 ، ص 734-741 ، 2014. عرض على: موقع الناشر | منحة جوجل
  12. K.-H. لي ، ج. بارك ، H.-S. Sung et al. ، "يعمل PHF2 هيستون ديميثيلاز كمثبط للورم بالاقتران مع p53 في السرطان ،" الأورام، المجلد. 34 ، لا. 22 ، ص 2897 - 2909 ، 2015. عرض على: موقع الناشر | منحة جوجل
  13. Y. Li ، Z. Ren ، Y. Wang et al. ، "يعزز ADAM17 هجرة الخلايا والغزو من خلال مسار Integin beta1 في سرطان الخلايا الكبدية ،" أبحاث الخلايا التجريبية، 2018. عرض على: موقع الناشر | منحة جوجل
  14. Y. Zhou و P. He و X. Xie و C. Sun ، "ضربة قاضية لـ SUMO1P3 تثبط نمو الورم والغزو وتعزز الحساسية الإشعاعية في سرطان الخلايا الكبدية ،" الكيمياء الحيوية الجزيئية والخلوية، 2018. عرض على: الباحث العلمي من Google
  15. H. Byeon، S. D. Lee، E.-K. Hong et al. ، "التأثير النذير طويل المدى للبروتين 1 المرتبط بـ osteopontin و Dickkopf في المرضى المصابين بسرطان الخلايا الكبدية بعد استئصال الكبد ،" علم الأمراض - البحث والممارسة، المجلد. 214 ، لا. 6، pp.814–820، 2018. عرض على: موقع الناشر | منحة جوجل
  16. F. Vasuri ، M. Visani ، G. Acquaviva et al. ، "دور microRNAs في المسارات الجزيئية الرئيسية لسرطان الخلايا الكبدية ،" المجلة العالمية لأمراض الجهاز الهضمي، المجلد. 24 ، لا. 25 ، ص 2647-2660 ، 2018. عرض على: موقع الناشر | منحة جوجل
  17. J. Quan ، Y. Li ، X. Pan et al. ، "يرتبط Oncogenic miR-425-5p بالهجرة الخلوية والتكاثر والاستماتة في سرطان الخلايا الكلوية ،" رسائل الأورام، المجلد. 16 ، ص 2175-2184 ، 2018. عرض على: موقع الناشر | منحة جوجل
  18. هاو ، دي آر كوكرين ، وجي كي ريتشر ، "عائلات miR-200 و miR-221/222 microRNA: تأثيرات معاكسة على الهوية الظهارية ،" مجلة بيولوجيا الغدة الثديية والأورام، المجلد. 17 ، لا. 1 ، ص 65-77 ، 2012. عرض على: موقع الناشر | منحة جوجل
  19. لامبرتيني ، أ. لولي ، إف فيزالي ، إل. بينولازي ، آر. جامباري ، و آر. بيفا ، "الارتباط بين عامل نسخ Slug و miR-221 في خلايا سرطان الثدي MDA-MB-231 ،" سرطان BMC، المجلد. 12 ، ص. 445 ، 2012. عرض على: الباحث العلمي من Google
  20. C. Le Sage ، R. Nagel ، D.A Egan et al. ، "تنظيم مثبط الورم p27 (Kip1) بواسطة miR-221 و miR-222 يعزز تكاثر الخلايا السرطانية ،" مجلة EMBO، المجلد. 26 ، لا. 15 ، ص 3699-3708 ، 2007. عرض على: موقع الناشر | منحة جوجل
  21. F. Fornari ، L. Gramantieri ، M. Ferracin et al. ، "MiR-221 يتحكم في تعبير CDKN1C / p57 و CDKN1B / p27 في سرطان الخلايا الكبدية البشرية ،" الأورام، المجلد. 27 ، لا. 43 ، ص 5651-5661 ، 2008. عرض على: موقع الناشر | منحة جوجل
  22. M. Singla و S. Bhattacharyya ، "الالتهام الذاتي كهدف علاجي محتمل أثناء الانتقال الظهاري إلى اللحمة المتوسطة في سرطان الخلايا الكلوية: دراسة في المختبر ،" الطب الحيوي والعلاج الدوائي، المجلد. 94 ، ص 332-340 ، 2017. عرض على: موقع الناشر | منحة جوجل
  23. إي كيه جوتيلا ، ك.إن.فينيكس ، إكس هونج ، جيه إس تيرانور ، ك.ب.كلافي ، وبي إيه وايت ، "تحفز زراعة الغلاف الجوي المطول لخلايا MCF-7 على EMT وقمع مستقبلات هرمون الاستروجين بواسطة الرنا الميكروي ،" أبحاث سرطان الثدي والعلاج، المجلد. 132 ، لا. 1 ، ص 75-85 ، 2012. عرض على: موقع الناشر | منحة جوجل
  24. المحررين PO ، "التراجع: miR-221 يعزز تكوين الأورام في خلايا سرطان الثدي الثلاثية السلبية البشرية ،" بلوس واحد، المجلد. 12 ، معرف المقالة e0175869 ، 2017. عرض على: الباحث العلمي من Google
  25. C. Lee و B. Kim و B. Song و K.C Moon ، "تأثير تعبير PHF2 في سرطان الخلايا الكلوية الصافية" مجلة علم الأمراض والطب التحويلي، المجلد. 51 ، لا. 4، pp.359–364، 2017. عرض على: موقع الناشر | منحة جوجل
  26. L.-L. الشمس ، X.-X. الشمس ، X.-E. Xu et al. ، "الإفراط في التعبير عن المجال التفاعلي الغني بـ Jumonji AT 1B وبروتين الإصبع PHD 2 متورط في تطور سرطان الخلايا الحرشفية المريئي ،" اكتا هيستوكيميكا، المجلد. 115 ، لا. 1 ، ص 56-62 ، 2013. عرض على: موقع الناشر | منحة جوجل

حقوق النشر

حقوق النشر & # xa9 2019 Yi Fu et al. هذا مقال مفتوح الوصول يتم توزيعه بموجب ترخيص Creative Commons Attribution License ، والذي يسمح بالاستخدام غير المقيد والتوزيع والاستنساخ في أي وسيط ، بشرط الاستشهاد بالعمل الأصلي بشكل صحيح.


محتويات

في عام 1982 ، اكتشف جيمس بي أليسون الحائز على جائزة نوبل مستقبل الخلايا التائية لأول مرة. [6] بعد ذلك ، حدد تاك واه ماك [7] ومارك إم ديفيز [8] استنساخ الحمض النووي الريبي (cDNA) الذي يشفر الإنسان والفأر TCR على التوالي في عام 1984. وقد سمحت هذه النتائج بكيان وبنية TCR بعيد المنال ، والمعروف من قبل باسم " الكأس المقدسة لعلم المناعة "، سيتم الكشف عنها. سمح ذلك للعلماء من جميع أنحاء العالم بإجراء دراسات على TCR ، مما أدى إلى دراسات مهمة في مجالات CAR-T والعلاج المناعي للسرطان وتثبيط نقاط التفتيش.

إن TCR عبارة عن بروتين غير متجانس مرتبط بغشاء مرتبط بثاني كبريتيد يتكون عادة من سلاسل ألفا (α) وبيتا () شديدة التغير معبراً عنها كجزء من معقد مع جزيئات سلسلة CD3 الثابتة. يشار إلى الخلايا التائية التي تعبر عن هذا المستقبل بالخلايا التائية α: β (أو αβ) ، على الرغم من أن أقلية من الخلايا التائية تعبر عن مستقبل بديل ، يتكون من سلاسل غاما متغيرة (γ) وسلاسل دلتا (δ) ، يشار إليها باسم الخلايا التائية. [9]

تتكون كل سلسلة من مجالين خارج الخلية: منطقة متغيرة (V) ومنطقة ثابتة (C) ، وكلاهما من مجال عائلة الغلوبولين المناعي (IgSF) الذي يشكل صفائح β المضادة للتوازي. المنطقة الثابتة قريبة من غشاء الخلية ، تليها منطقة الغشاء وذيل حشوي قصير ، بينما ترتبط المنطقة المتغيرة بمركب الببتيد / معقد التوافق النسيجي الكبير.

يحتوي المجال المتغير لكل من سلسلة TCR α وسلسلة على ثلاث مناطق متغيرة للغاية أو مناطق محددة للتكامل (CDRs). هناك أيضًا منطقة إضافية من فرط التغير في السلسلة β (HV4) التي لا تتصل عادةً بمولد الضد ، وبالتالي لا تعتبر CDR. [ بحاجة لمصدر ]

توجد البقايا في هذه المجالات المتغيرة في منطقتين من TCR ، عند واجهة السلاسل α- و وفي منطقة إطار سلسلة β التي يُعتقد أنها قريبة من مجمع تحويل إشارة CD3. [10] CDR3 هو CDR الرئيسي المسؤول عن التعرف على المستضد المعالج ، على الرغم من أن CDR1 لسلسلة ألفا قد تبين أيضًا أنه يتفاعل مع الجزء N-terminal من الببتيد المستضد ، في حين يتفاعل CDR1 من السلسلة مع الطرف C جزء من الببتيد.

يُعتقد أن CDR2 يتعرف على MHC. لا يُعتقد أن CDR4 الخاص بالسلسلة β يشارك في التعرف على المستضد ، ولكن ثبت أنه يتفاعل مع المستضدات الفائقة.

يتكون المجال الثابت لـ TCR من متواليات توصيل قصيرة حيث تشكل بقايا السيستين روابط ثاني كبريتيد ، والتي تشكل رابطًا بين السلسلتين.

TCR هو عضو في عائلة الغلوبولين المناعي ، وهي مجموعة كبيرة من البروتينات تشارك في الارتباط ، والتعرف ، والالتصاق ، تمت تسمية العائلة على اسم الأجسام المضادة (وتسمى أيضًا الغلوبولين المناعي). يشبه TCR نصف الجسم المضاد الذي يتكون من سلسلة خفيفة واحدة ثقيلة وواحدة ، باستثناء السلسلة الثقيلة بدون جزءها القابل للبلور (Fc). يتم ربط الوحدتين الفرعيتين لـ TCR معًا. في حين أن الجسم المضاد يستخدم منطقة Fc الخاصة به للارتباط بمستقبلات Fc على الكريات البيض ، فإن TCR يتم تثبيته بالفعل على غشاء الخلية. ومع ذلك ، فهو غير قادر على التوسط في نقل الإشارة نفسه بسبب ذيله القصير السيتوبلازمي ، لذلك لا يزال TCR يتطلب CD3 و zeta لتنفيذ تحويل الإشارة في مكانه [ بحاجة لمصدر ] ، تمامًا كما تتطلب الأجسام المضادة الارتباط بـ FcRs لبدء نقل الإشارة. بهذه الطريقة يكون تفاعل MHC-TCR-CD3 للخلايا التائية مشابهًا وظيفيًا لتفاعل المستضد (Ag) - الغلوبولين المناعي (Ig) - FcR للخلايا البيضاء النخاعية ، وتفاعل Ag-Ig-CD79 للخلايا B.

يتشابه جيل تنوع TCR مع تلك الخاصة بالأجسام المضادة ومستقبلات مستضد الخلايا البائية. ينشأ بشكل أساسي من إعادة التركيب الجيني للأجزاء المشفرة بالحمض النووي في الخلايا التائية الجسدية الفردية عن طريق إعادة التركيب الجسدي V (D) J باستخدام إعادة التركيب RAG1 و RAG2. على عكس الغلوبولين المناعي ، لا تخضع جينات TCR لفرط الطفرة الجسدية ، ولا تعبر الخلايا التائية عن ديميناز السيتيدين الناجم عن التنشيط (AID). تعتبر عملية إعادة التركيب التي تخلق التنوع في BCR (الأجسام المضادة) و TCR فريدة من نوعها للخلايا الليمفاوية (الخلايا T و B) خلال المراحل المبكرة من تطورها في الأعضاء اللمفاوية الأولية (الغدة الصعترية للخلايا التائية ، ونخاع العظام للخلايا البائية).

يمتلك كل TCR المعاد تجميعه خصوصية فريدة من نوعها للمستضد ، يتم تحديدها من خلال هيكل موقع ارتباط مولد الضد الذي تشكله السلاسل α و في حالة خلايا αβ T أو سلاسل و في حالة الخلايا التائية. [11]

  • إن TCR سلسلة ألفا يتم إنشاؤه عن طريق إعادة تركيب VJ ، في حين أن سلسلة بيتا يتم إنشاؤه عن طريق إعادة تركيب VDJ (كلاهما يتضمن انضمامًا عشوائيًا لأجزاء الجينات لتوليد سلسلة TCR الكاملة).
  • وبالمثل ، جيل من TCR سلسلة جاما يتضمن إعادة تركيب VJ ، في حين أن إنشاء TCR سلسلة دلتا يحدث عن طريق إعادة التركيب VDJ.

يتوافق تقاطع هذه المناطق المحددة (V و J لسلسلة ألفا أو جاما V و D و J لسلسلة بيتا أو سلسلة دلتا) مع منطقة CDR3 المهمة للتعرف على الببتيد / MHC (انظر أعلاه).

إنه مزيج فريد من الأجزاء في هذه المنطقة ، جنبًا إلى جنب مع إضافات النيوكليوتيدات المتناظرة والعشوائية (يطلق عليها على التوالي "P-" و "N-") ، والتي تمثل التنوع الأكبر في خصوصية مستقبلات الخلايا التائية للببتيدات المستضدية المعالجة .

في وقت لاحق أثناء التطوير ، يمكن إعادة تحرير حلقات CDR الفردية لـ TCR في المحيط الخارجي خارج الغدة الصعترية عن طريق إعادة تنشيط recombinases باستخدام عملية تسمى مراجعة TCR (التحرير) وتغيير خصوصية المستضد الخاص بها.

في غشاء البلازما ، ترتبط سلاسل مستقبلات TCR α و بستة بروتينات محول إضافية لتشكيل مجمع ثماني. يحتوي المجمع على كل من سلاسل α و ، وتشكيل موقع ربط الترابط ، ووحدات الإشارة CD3δ و CD3γ و CD3ε و CD3ζ في القياس المتكافئ TCR α β - CD3εγ - CD3εδ - CD3ζζ. المخلفات المشحونة في مجال الغشاء لكل وحدة فرعية تشكل تفاعلات قطبية تسمح بالتجميع الصحيح والمستقر للمجمع. [12] إن الذيل السيتوبلازمي لـ TCR قصير للغاية ، ومن ثم تحتوي بروتينات محول CD3 على أشكال الإشارة اللازمة لنشر الإشارة من TCR المشغّل إلى الخلية. أشكال الإشارة المتضمنة في إشارات TCR عبارة عن بقايا من التيروزين في الذيل السيتوبلازمي لبروتينات المحول هذه والتي يمكن فسفرتها في حالة ارتباط TCR-pMHC. توجد بقايا التيروزين في تسلسل حمض أميني محدد من التوقيع Yxx (L / I) x6-8Yxx (L / I) ، حيث Y ، L ، أنا أشير إلى مخلفات التيروزين ، الليوسين والإيزولوسين ، تشير x إلى أي أحماض أمينية ، الرمز السفلي 6-8 يشير إلى تسلسل من 6 إلى 8 أحماض أمينية في الطول. هذا الشكل شائع جدًا في مستقبلات المنشط لعائلة مستقبلات التيروزين الفوسفورية غير الحفزية (NTR) ويشار إليها باسم مستقبلات التيروزين المناعية المستندة إلى عزر التنشيط (ITAM). [5] يحتوي كل من CD3δ و CD3γ و CD3ε على ITAM واحد ، بينما يحتوي CD3ζ على ثلاثة ITAMs. في المجموع ، يحتوي مجمع TCR على 10 ITAMs. [12] تعمل ITAMs المفسفرة كموقع ربط لنطاقات SH2 للبروتينات المعينة بشكل إضافي.

تعبر كل خلية T عن TCRs clonal التي تتعرف على الببتيد المحدد الذي تم تحميله على جزيء MHC (pMHC) ، إما على MHC class II على سطح خلايا تقديم المستضد أو الفئة الأولى من معقد التوافق النسيجي الكبير على أي نوع خلية آخر. [13] الميزة الفريدة للخلايا التائية هي قدرتها على التمييز بين الببتيدات المشتقة من الخلايا السليمة الداخلية والببتيدات من الخلايا الغريبة أو غير الطبيعية (مثل المصابة أو السرطانية) في الجسم. [14] لا تميز الخلايا التي تقدم المستضد بين الببتيدات الذاتية والببتيدات الأجنبية وعادة ما تعبر عن عدد كبير من pMHC المشتق ذاتيًا على سطح الخلية ونسخ قليلة فقط من أي pMHC غريب.على سبيل المثال ، لقد ثبت أن الخلايا المصابة بفيروس نقص المناعة البشرية لديها فقط 8-46 pMHCs الخاصة بفيروس نقص المناعة البشرية بجانب 100000 من إجمالي pMHC لكل خلية. [15] [16]

نظرًا لأن الخلايا التائية تخضع للاختيار الإيجابي في الغدة الصعترية ، فهناك تقارب غير مهم بين pMHC الذاتي و TCR ، ومع ذلك ، لا ينبغي تنشيط إشارات مستقبلات الخلايا التائية بواسطة pMHC الذاتي بحيث يتم تجاهل الخلايا السليمة الذاتية من قبل الخلايا التائية. ومع ذلك ، عندما تحتوي هذه الخلايا نفسها على كميات ضئيلة من pMHC المشتق من العوامل الممرضة ، يجب تنشيط الخلايا التائية وبدء الاستجابات المناعية. تُعرف قدرة الخلايا التائية على تجاهل الخلايا السليمة ولكنها تستجيب عندما تعبر هذه الخلايا نفسها عن عدد صغير من pMHC الأجنبي باسم تمييز المستضد. [17] [18]

للقيام بذلك ، تتمتع الخلايا التائية بدرجة عالية جدًا من خصوصية المستضد ، على الرغم من حقيقة أن التقارب مع رابط الببتيد / معقد التوافق النسيجي الكبير منخفض نوعًا ما مقارنة بأنواع المستقبلات الأخرى. [19] التقارب ، يُعطى على أنه ثابت التفكك (كد) ، بين TCR و pMHC بواسطة رنين البلازمون السطحي (SPR) ليكون في نطاق 1-100 ميكرومتر ، مع معدل ارتباط (كتشغيل) 1000-10000 م -1 ث -1 ومعدل تفكك (كإيقاف) من 0.01 -0.1 ثانية −1. [20] وبالمقارنة ، فإن السيتوكينات لها تقارب من KD = 10-600 pM لمستقبلاتها. [21] لقد ثبت أنه حتى تغيير حمض أميني واحد في الببتيد المقدم والذي يؤثر على تقارب pMHC مع TCR يقلل من استجابة الخلايا التائية ولا يمكن تعويضه بتركيز أعلى من pMHC. [22] لوحظ وجود ارتباط سلبي بين معدل تفكك مركب pMHC-TCR وقوة استجابة الخلايا التائية. [23] وهذا يعني أن pMHC الذي يربط TCR لفترة أطول يبدأ في تنشيط أقوى للخلية التائية. علاوة على ذلك ، فإن الخلايا التائية حساسة للغاية. التفاعل مع pMHC واحد كافٍ لبدء التنشيط. [24] أيضًا ، القرار بشأن ما إذا كانت استجابة الخلايا التائية لمولد الضد يتم اتخاذها بسرعة. تقوم الخلايا التائية بمسح pMHC بسرعة على خلية تقديم مستضد لزيادة فرصة العثور على pMHC معين. في المتوسط ​​، تواجه الخلية التائية 20 ناقلات مدرعة لكل ساعة. [25]

تم اقتراح نماذج مختلفة للآليات الجزيئية التي تكمن وراء هذه العملية المحددة للغاية والحساسة للغاية لتمييز المستضد. يشير النموذج المهني ببساطة إلى أن استجابة TCR تتناسب مع عدد pMHC المرتبط بالمستقبل. بالنظر إلى هذا النموذج ، يمكن تعويض العمر الأقصر للببتيد بتركيز أعلى بحيث تظل الاستجابة القصوى للخلية التائية كما هي. ومع ذلك ، لا يمكن رؤية هذا في التجارب وقد تم رفض النموذج على نطاق واسع. [23] الرأي الأكثر قبولًا هو أن TCR يشارك في تصحيح التجارب المطبعية الحركية. يقترح نموذج التدقيق اللغوي الحركي أن الإشارة لا يتم إنتاجها بشكل مباشر عند الربط ولكن سلسلة من الخطوات الوسيطة تضمن تأخيرًا زمنيًا بين الربط وإخراج الإشارة. يمكن أن تكون خطوات "التدقيق اللغوي" الوسيطة هذه عبارة عن جولات متعددة من فسفرة التيروزين. تتطلب هذه الخطوات طاقة ، وبالتالي لا تحدث بشكل تلقائي ، فقط عندما يكون المستقبل مرتبطًا بروابطه. بهذه الطريقة فقط الروابط ذات التقارب العالي التي تربط TCR لفترة طويلة بما يكفي يمكنها بدء الإشارة. جميع الخطوات الوسيطة قابلة للانعكاس ، مثل أنه عند تفكك الترابط ، يعود المستقبل إلى حالته الأصلية غير المفسفرة قبل أن يرتبط ارتباط جديد. [26] يتنبأ هذا النموذج بأن الاستجابة القصوى للخلايا التائية تتناقص لـ pMHC مع عمر أقصر. التجارب أكدت هذا النموذج. [23] ومع ذلك ، فإن نموذج التصحيح الحركي الأساسي له مفاضلة بين الحساسية والنوعية. تؤدي زيادة عدد خطوات التدقيق اللغوي إلى زيادة الخصوصية ولكنها تقلل من حساسية المستقبل. لذلك فإن النموذج غير كافٍ لشرح الحساسية العالية والنوعية التي تمت ملاحظتها في TCRs. (Altan Bonnet2005) تم اقتراح نماذج متعددة تعمل على تمديد نموذج التصحيح الحركي ، ولكن لا يزال الدليل على النماذج مثيرًا للجدل. [14] [27] [28]

تكون حساسية المستضد أعلى في الخلايا التائية ذات الخبرة بالمستضد عنها في الخلايا التائية الساذجة. تمر الخلايا التائية الساذجة عبر عملية النضج الشغوف الوظيفي دون أي تغيير في التقارب. ويستند إلى حقيقة أن الخلية التائية المستجيبة والذاكرة (من ذوي الخبرة بالمستضد) أقل اعتمادًا على إشارات التكلفة وتركيز مستضد أعلى من الخلية التائية الساذجة. [29]

تتمثل الوظيفة الأساسية لمجمع TCR في تحديد مستضد محدد محدد مشتق من مسببات الأمراض التي قد تكون ضارة واستنباط استجابة متميزة وحرجة. في نفس الوقت يجب أن يتجاهل أي مستضد ذاتي ويتحمل مستضدات غير ضارة مثل مستضدات الطعام. يُطلق على آلية نقل الإشارة التي من خلالها تثير الخلية التائية هذه الاستجابة عند ملامستها لمستضدها الفريد تنشيط الخلايا التائية. عند الارتباط بـ pMHC ، يبدأ TCR سلسلة إشارات ، تتضمن تنشيط عامل النسخ وإعادة تشكيل الهيكل الخلوي مما يؤدي إلى تنشيط الخلايا التائية. تفرز الخلايا التائية النشطة السيتوكينات ، وتخضع لتكاثر سريع ، ولها نشاط سام للخلايا وتتمايز إلى خلايا فاعلة وخلايا ذاكرة. عندما يتم تشغيل TCR ، تشكل الخلايا التائية مشابكًا مناعية تسمح لها بالبقاء على اتصال مع خلية تقديم المستضد لعدة ساعات. [30] على مستوى السكان ، يعتمد تنشيط الخلايا التائية على قوة تحفيز TCR ، ومنحنى الاستجابة للجرعة من الليجند لإنتاج السيتوكين السيني. ومع ذلك ، يمكن تمييز تنشيط الخلايا التائية على مستوى خلية واحدة باستجابة رقمية تشبه التبديل ، مما يعني أن الخلية التائية يتم تنشيطها بالكامل إذا كان المنبه أعلى من عتبة معينة ، وإلا فإن الخلية التائية تبقى في حالتها غير النشطة. لا توجد حالة تنشيط وسيطة. ينتج منحنى الاستجابة للجرعة السيني القوي على مستوى السكان عن الخلايا التائية الفردية التي لها عتبات مختلفة قليلاً. [22]

تحتاج الخلايا التائية إلى ثلاث إشارات لتنشيطها بالكامل. يتم توفير الإشارة 1 بواسطة مستقبل الخلايا التائية عند التعرف على مستضد معين على جزيء معقد التوافق النسيجي الكبير. تأتي الإشارة 2 من مستقبلات التحفيز المشترك مثل CD28 ، الموجودة على سطح الخلايا المناعية الأخرى. يتم التعبير عنها فقط عندما يكتشف الجهاز المناعي الفطري وجود عدوى ، فهي "إشارة تدل على الخطر". يتأكد نظام الإشارتين هذا من أن الخلايا التائية تستجيب فقط لمسببات الأمراض الضارة وليس للمستضدات الذاتية. يتم توفير إشارة ثالثة إضافية بواسطة السيتوكينات ، التي تنظم تمايز الخلايا التائية إلى مجموعات فرعية مختلفة من الخلايا التائية المستجيبة. [30] هناك عدد لا يحصى من الجزيئات المشاركة في العملية الكيميائية الحيوية المعقدة (تسمى إشارات عبر الغشاء) والتي يتم من خلالها تنشيط الخلايا التائية. أدناه ، يتم وصف سلسلة الإشارات بالتفصيل.

تحرير تنشيط المستقبل

يتبع التشغيل الأولي الآلية المشتركة لجميع أفراد عائلة مستقبلات NTR. بمجرد ربط TCR بـ pMHC محدد ، يتم فسفرة بقايا التيروزين لعناصر التنشيط القائمة على التيروزين (ITAMs) في بروتينات محول CD3 الخاص بها. تعمل المخلفات كمواقع لرسو السفن لجزيئات الإشارات النهائية ، والتي يمكنها نشر الإشارة. [31] [32] يتم التوسط في فسفرة ITAMs بواسطة Src kinase Lck. يرتكز Lck على غشاء البلازما من خلال الارتباط بالمستقبل المشترك CD4 أو CD8 ، اعتمادًا على النوع الفرعي للخلية التائية. يتم التعبير عن CD4 على الخلايا التائية المساعدة والخلايا التائية التنظيمية ، وهو خاص بالفئة الثانية من معقد التوافق النسيجي الكبير. من ناحية أخرى ، يتم التعبير عن CD8 ، المخصص لفئة معقد التوافق النسيجي الكبير I ، على الخلايا التائية السامة للخلايا. يؤدي ارتباط المستقبل المشترك إلى MHC إلى تقريب Lck من CD3 ITAMs. لقد ثبت أن 40 ٪ من Lck نشط حتى قبل أن يربط TCR بـ pMHC وبالتالي لديه القدرة على فسفرة TCR باستمرار. [33] يتم تجنب إشارات Tonic TCR من خلال وجود الفوسفاتاز CD45 الذي يزيل الفسفرة من بقايا التيروزين ويمنع بدء الإشارة. عند الربط بين نشاط الكيناز ونشاط الفوسفاتيز ، يكون مضطربًا ، مما يؤدي إلى فائض الفسفرة وبدء الإشارة. لا يزال النقاش حول كيفية تحقيق هذا الاضطراب من خلال ربط TCR. تم اقتراح الآليات التي تتضمن التغيير المطابق لـ TCR وتجميع TCR والفصل الحركي. [31] قد يكون Tyrosine kinase Fyn متورطًا في فسفرة ITAM ولكنه ليس ضروريًا لإشارات TCR. [34] [35]

تحرير إشارات TCR القريبة

ITAMs الفسفوري في ذيول السيتوبلازم لـ CD3 يقوم بتجنيد بروتين التيروزين كيناز Zap70 الذي يمكن أن يرتبط ببقايا التيروزين الفسفورية مع مجال SH2 الخاص به. هذا يجعل Zap70 على مقربة من Lck مما يؤدي إلى الفسفرة والتفعيل بواسطة Lck. [36] فسفوريل Lck عدد من البروتينات المختلفة في مسار TCR. [37] بمجرد تنشيط Zap70 ، يكون قادرًا على فسفوريلات بقايا التيروزين المتعددة لبروتين الغشاء LAT. LAT هو بروتين سقالة مرتبط بالغشاء. لا يحتوي في حد ذاته على أي نشاط تحفيزي ولكنه يوفر مواقع ربط للإشارة إلى الجزيئات عبر بقايا التيروزين الفسفوري. يرتبط LAT ببروتين سقالة آخر Slp-76 عبر بروتين محول Grap2 ، والذي يوفر مواقع ربط إضافية. يوفر LAT و Slp-76 معًا منصة لتوظيف العديد من جزيئات الإشارات النهائية. من خلال تقريب جزيئات الإشارة هذه ، يمكن تنشيطها بواسطة Lck و Zap70 وغيرهما من الكينازات. لذلك ، يعمل مجمع LAT / Slp76 كإشارة متعاونة للغاية. [36]

تشمل الجزيئات التي تربط مجمع LAT / Slp76: Phospholipase Cγ1 (PLCγ1) و SOS عبر محول Grb2 و Itk و Vav و Nck1 و Fyb. [36]

تحويل الإشارة إلى النواة تحرير

PLCγ هو إنزيم مهم جدًا في المسار لأنه يولد جزيئات المرسال الثانية. يتم تنشيطه بواسطة tyrosine kinase Itk الذي يتم تجنيده في غشاء الخلية عن طريق الارتباط بـ Phosphatidylinositol (3،4،5) -trisphosphate (PIP3). يتم إنتاج PIP3 عن طريق عمل Phosphoinositide 3-kinase (PI-3K) ، والذي يقوم بإفساد Phosphatidylinositol 4،5-bisphosphate (PIP2) لإنتاج PIP3. من غير المعروف أن PI-3K يتم تنشيطه بواسطة مستقبل الخلية التائية نفسه ، ولكن هناك دليل على أن CD28 ، وهو مستقبل تحفيزي مشترك يوفر الإشارة الثانية ، قادر على تنشيط PI-3K. يمكن أن يكون التفاعل بين PLCγ و Itk و PI-3K هو النقطة في المسار حيث يتم دمج الإشارة الأولى والثانية. فقط في حالة وجود كلتا الإشارتين ، يتم تنشيط PLCγ. [30] بمجرد تنشيط PLCγ عن طريق الفسفرة ، فإنه يحلل PIP2 إلى جزيئين ثانويين مرسال ، وهما دياسيل الجلسرين المرتبط بالغشاء (DAG) والإينوزيتول القابل للذوبان 1،4،5-ثلاثي الفوسفات (IP3). [38]

تعمل جزيئات المرسل الثانية هذه على تضخيم إشارة TCR وتوزيع التنشيط المحلي السابق على الخلية بأكملها وتنشيط شلالات البروتين التي تؤدي في النهاية إلى تنشيط عوامل النسخ. عوامل النسخ المتضمنة في مسار إشارات الخلايا التائية هي NFAT و NF-B و AP1 ، وهو مغاير لبروتينات Fos و Jun. جميع عوامل النسخ الثلاثة مطلوبة لتنشيط نسخ جين إنترلوكين -2 (IL2). [30]

تحرير NFAT

NFAT التنشيط يعتمد على إشارات الكالسيوم. IP3 الذي تنتجه PLC-لم يعد مرتبطًا بالغشاء وينتشر بسرعة في الخلية. يؤدي ارتباط IP3 بمستقبلات قناة الكالسيوم على الشبكة الإندوبلازمية (ER) إلى إطلاق الكالسيوم (Ca 2+) في العصارة الخلوية. يتسبب تركيز Ca 2+ المنخفض الناتج في ER في تجمع STIM1 على غشاء ER ، والذي يؤدي بدوره إلى تنشيط قنوات CRAC لغشاء الخلية التي تسمح بتدفق الكالسيوم الإضافي إلى العصارة الخلوية من الفضاء خارج الخلية. لذلك ، تزداد مستويات الكالسيوم 2+ بشدة في الخلية التائية. يرتبط هذا الكالسيوم العصاري الخلوي بالكالموديولين ، مما يؤدي إلى حدوث تغيير توافقي للبروتين بحيث يمكنه بعد ذلك ربط وتنشيط الكالسينيورين. Calcineurin ، بدوره ، ديفوسفوريلاتس NFAT. في حالتها المعطلة ، لا يمكن أن تدخل NFAT إلى النواة حيث لا يمكن التعرف على تسلسل التوطين النووي (NLS) من قبل الناقلات النووية بسبب الفسفرة بواسطة GSK-3. عندما يتم إزالة الفسفرة عن طريق نقل Calcineurin من NFAT إلى النواة. [30] بالإضافة إلى ذلك ، هناك دليل على أن PI-3K عبر جزيئات الإشارة تقوم بتجنيد بروتين كيناز AKT لغشاء الخلية. AKT قادر على إلغاء تنشيط GSK3 وبالتالي تثبيط فسفرة NFAT ، مما قد يساهم في تنشيط NFAT. [36]

NF-κB تحرير

NF- B يبدأ التنشيط بواسطة DAG ، المنتج الثاني المرتبط بالغشاء لتحلل PLCγ المائي لـ PIP2. تقوم DAG بربط وتجنيد بروتين كيناز C θ (PKCθ) بالغشاء حيث يمكنها تنشيط بروتين السقالة المرتبط بالغشاء CARMA1. يخضع CARMA1 بعد ذلك لتغيير توافقي يسمح له بتقسيم بروتينات المحول BCL10 ومجال CARD و MALT1 وربطها. هذا المركب متعدد الوحدات يربط Ubiquitin ligase TRAF6. يعد استخدام TRAF6 في كل مكان بمثابة سقالة لتوظيف NEMO و IκB kinase (IKK) و TAK1. [30] TAK 1 فسفوريلات IKK ، والتي بدورها تفسفر مثبط NF-B I-B ، مما يؤدي إلى انتشار I-B وتدهوره لاحقًا. يحظر I-κB NLS لـ NF-B وبالتالي يمنع انتقاله إلى النواة. بمجرد تدهور I-B ، لا يمكن الارتباط بـ NF-B ويصبح NLS لـ NF-B متاحًا للنقل النووي. [30]

AP1 تحرير

تفعيل AP1 يتضمن ثلاثة مسارات إشارات MAPK. يستخدم هذا المسار سلسلة فسفرة مكونة من ثلاثة كينازات بروتينية متتالية تعمل لنقل إشارة. تشتمل مسارات MAPK الثلاثة في الخلايا التائية على كينازات ذات خصائص مختلفة تنتمي إلى كل من عائلات MAP3K و MAP2K و MAPK. يتم التنشيط الأولي بواسطة GTPase Ras أو Rac الذي يفسفر MAP3K. [30] سلسلة تتضمن إنزيمات Raf ، MEK1 ، ERK تؤدي إلى فسفرة Jun ، يسمح التغيير التوافقي لـ Jun بالارتباط بـ Fos وبالتالي AP-1 لتشكيل. ثم يعمل AP-1 كعامل نسخ. يتم تنشيط Raf عبر برنامج Messenger الثاني DAG و SOS و Ras. تقوم DAG بتجنيد البروتين المطلق للنيوكليوتيدات RAS (RasGRP) ، وهو عامل تبادل نيوكليوتيدات الجوانين (GEF) ، من بين البروتينات الأخرى ، إلى الغشاء. يقوم RasGRP بتنشيط GTPase Ras الصغير عن طريق تبادل Guanosine diphosphate (GDP) المتجه إلى Ras مقابل Guanosine triphosphate (GTP). يمكن أيضًا تنشيط Ras بواسطة عامل تبادل النوكليوتيدات الجوانين SOS الذي يرتبط بإشارة LAT. ثم يبدأ Ras في سلسلة MAPK. [36] سلسلة MAPK الثانية مع MEKK1 ، JNKK ، JNK تحفز التعبير البروتيني لـ Jun. سلسلة أخرى ، تتضمن أيضًا MEKK1 كـ MAPK3 ، ولكن بعد ذلك تنشيط MKK3 / 6 و p38 يحفز نسخ Fos. يتضمن تنشيط MEKK1 ، بالإضافة إلى تنشيطه بواسطة Ras ، قيام Slp-76 بتجنيد GEF Vav في إشارة LAT ، والتي تقوم بعد ذلك بتنشيط GTPase Rac. يقوم Rac و Ras بتنشيط MEKK1 وبالتالي يبدآن سلسلة MAPK. [36]


نتائج

مجموعة بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي نسخة من مكتبات الكمثرى والتفاح

في هذه الدراسة ، تم تجميع RNA لأنواع مختلفة من المواد (بما في ذلك نوعان وثلاث مراحل تطورية) لتوفير مكتبة جينية واسعة مرتبطة بنمو الفاكهة ، وفي النهاية تم إنشاء ستة عشر مكتبة بما في ذلك الفاكهة والأوراق (الشكل 1 ، الجدول 1) . تم الحصول على إجمالي 14،937،456 - 30،370،082 قراءة من ثماني مكتبات من الكمثرى ، 57.8٪ - 71.8٪ منها يمكن تعيينها إلى الجينوم المرجعي "Dangshansuli" وقيمة الأزواج المتوافقة هي 50.5٪ - 66.2٪ [14]. تم الحصول على إجمالي 16،219،542–34،807،619 قراءة من ثماني مكتبات تفاح ، 61.0٪ - 76.3٪ منها يمكن تعيينها إلى جينوم "Golden Delicious" وقيمة الأزواج المتوافقة 54.2٪ -72.5٪ [17]. حصلنا على 84.055 نسخة و 40402 جينًا بطول N50 بطول 2306 نقطة أساس ومتوسط ​​طول 1643. 95 نقطة أساس في الكمثرى حصلنا على 95600 نسخة و 56781 جينًا بطول N50 بطول 2117 نقطة أساس وطول متوسط ​​1470.5 نقطة أساس في التفاح (الجدول 2).

المواد النباتية في ثلاث مراحل تنموية. تمثل t1 و t2 و t3 مرحلة الثمار الصغيرة ومرحلة التوسع ومرحلة النضج على التوالي. كل مربع يمثل 1 سم

اختلاف المؤشر الفسيولوجي في مراحل نمو ثمار الكمثرى والتفاح

لفهم التباين الفسيولوجي بشكل أفضل بين النمو والقطر العرضي والطولي ، لوحظ وزن الثمرة الواحدة ومحتوى حمض السكر من مراحل النمو (الشكل 2 ، الجدول 3). كان القطر المستعرض والقطر العمودي للكمثرى البرية عند النضج 1.46 و 1.23 مرة من ذلك في مرحلة الفاكهة الصغيرة ، على التوالي (الشكل 2 أ). كان معدل نمو الكمثرى البرية بطيئًا ولم يتغير حجم الثمار بشكل واضح أثناء عملية نمو الثمار. كان القطر المستعرض والقطر العمودي للصنف الكمثرى عند مرحلة النضج 4.3 و 2.9 مرة من ذلك في مرحلة الفاكهة الصغيرة ، على التوالي. معدل النمو الجانبي للكمثرى أعلى من النمو الطولي ، ومعدل نمو حجم الثمار أسرع بكثير من النمو البري. كان القطران المستعرضان والطوليان للتفاح البري في مرحلة الفاكهة الصغيرة 12.87 ملم و 13.1 ملم على التوالي ، بينما كانا في مرحلة النضج 25.14 ملم و 23.77 ملم ، والتي كانت حوالي 1.95 و 1.48 مرة في مرحلة الفاكهة الصغيرة (الشكل 2 ب). ). نمت الثمرة ببطء ولم يتغير الحجم بشكل ملحوظ. في المقابل ، كان القطران المستعرضان والطوليان من صنف التفاح عند النضج 74.25 مم و 67.22 مم على التوالي ، والتي كانت حوالي 3.27 و 2.72 مرة عن مرحلة الفاكهة الصغيرة. وزن الصنف الكمثرى في مرحلة النضج حوالي 447 مرة من وزن البرية (الشكل 2C). كان وزن صنف التفاح في مرحلة النضج 8.12 ضعف وزن التفاح البري (الشكل 2 د). هناك اختلافات واضحة في الحجم والوزن بين الصنف البري والصنف ، حيث تكون خصائص الفاكهة أكبر في الصنف.

حجم الثمار ووزن الثمرة الواحدة للفاكهة البرية والفاكهة المستنبتة على ثلاث مراحل. A & ampB: يمثل حجم الفاكهة ، يمثل التنسيق قيمة القطر العرضي والطولي (مم) ، ويمثل اللون الأزرق القطر العرضي ، ويمثل اللون الأخضر القطر الطولي. C & ampD: يمثل وزن الفاكهة ، يمثل التنسيق قيمة وزن الثمرة (جم) الصلب يمثل مائل التفاح البري يمثل حدود التفاح المزروع t1 و t2 و t3 مرحلة الفاكهة الصغيرة ومرحلة التوسع ومرحلة النضج على التوالي

تشتمل السكريات القابلة للذوبان في الكمثرى والتفاح بشكل أساسي على السوربيتول والفركتوز والجلوكوز والسكروز [27]. تشتمل الأحماض العضوية بشكل أساسي على حمض الكينيك وحمض الستريك وحمض الماليك وحمض الأكساليك وحمض الشيكيميك (الجدول 3) [28]. بلغ إجمالي محتوى السكر في الصنف الكمثرى عند النضج 43.6 ( mathrm رصاصة mathrm) −1 و 20.66 ( mathrm رصاصة mathrm) 1 في البرية ، مما يدل على أن محتوى السكر الكلي في الصنف الكمثرى أعلى منه في البرية. كان محتوى الفركتوز في الصنف الكمثرى 26.24 ( mathrm رصاصة mathrm) −1 في مرحلة النضج ، أي حوالي 13 مرة من السكروز. زادت محتويات الجلوكوز والفركتوز والسكروز مع نمو الثمار ، وارتبطت ارتباطًا إيجابيًا بمحتوى السكر الكلي. كان هناك ارتباط سلبي بين السوربيتول ومحتوى السكر الكلي.محتوى حامض الستريك في الكمثرى البرية أعلى من محتوى الأحماض الأخرى. محتوى الأحماض العضوية في مرحلة نضج الكمثرى البرية أعلى منه في الصنف.

كان محتوى الفركتوز أعلى من السكريات الأخرى وفي صنف التفاح عند النضج كان حوالي 2.6 ضعف ذلك في التفاح البري. بلغ محتوى السكر الكلي عند نضج صنف التفاح 131.23 ( mathrm رصاصة mathrm) -1 ، وبلغ التفاحة البرية 61.45 ( mathrm رصاصة mathrm) 1 ، والتي أظهرت أن محتوى السكر الكلي في صنف التفاح كان أعلى بكثير منه في البرية. زادت محتويات الجلوكوز والفركتوز والسكروز أثناء نمو الثمار ، وارتبطت ارتباطًا إيجابيًا بمحتوى السكر الكلي. كان محتوى حامض الستريك وحمض الماليك أعلى من الأحماض الأخرى. أعلى محتوى حمضي للتفاح البري عند النضج كان حامض الستريك 8.18 ( mathrm رصاصة mathrm) −1 ، يليه محتوى حمض الماليك 6.36 ( mathrm رصاصة mathrm) −1. على عكس محتوى السكر ، انخفض محتوى الحمض العضوي أثناء نضج الثمار. كان المحتوى الحمضي الكلي في البرية أعلى منه في صنف التفاح.

تحديد النصوص والجينات المعبر عنها تفاضليًا في الفاكهة البرية والفاكهة المستنبتة على ثلاث مراحل

وفق ص & lt 0.001 و | تغيير الطية | & gt 2 ، تم تحديد النصوص المعبر عنها التفاضلية الكبيرة (الشكل 3). كان هناك 3339 و 4005 و 4070 نصًا تفاضليًا معبرًا عن نوعي الكمثرى في مرحلة الفاكهة الصغيرة ومرحلة التوسع ومرحلة النضج على التوالي (الشكل 3 أ). تم ترك 7051 نسخة بعد إزالة النسخ المكررة في جميع المراحل الثلاث ، والتي تتوافق مع 5921 جينًا. هناك 1228 نسخة تم التعبير عنها بشكل مختلف في جميع المراحل ، وهذا يتوافق مع 1068 جينًا. كان هناك 2261 (1228 + 1033) نصًا تفاضليًا معبرًا عنه موجودًا في وقت واحد في مرحلة التوسع ومرحلة النضج ، و 1699 (1228 + 471) و 1631 (1228 + 403) في مرحلة الفاكهة الصغيرة ومرحلة التوسع ، ومرحلة الفاكهة الصغيرة و مرحلة النضج ، على التوالي (الشكل 3 أ).

عدد النصوص المعبر عنها تفاضليًا لعينات البرية والأصناف في ثلاث مراحل. تمثل t1 و t2 و t3 مرحلة الثمار الصغيرة ومرحلة التوسع ومرحلة النضج على التوالي

كانت أعداد نصوص التعبير التفاضلي 3188 و 2975 و 3918 في مرحلة فاكهة التفاح الصغيرة ومرحلة التوسع ومرحلة النضج على التوالي (الشكل 3 ب). كان التقاطع واتحاد المجموعات الثلاث 1065 و 6381 على التوالي ، أي ما يقابل 969 و 5744 جينًا على التوالي. كانت النصوص المشتركة المعبر عنها تفاضليًا بين مرحلة التوسع والنضج ، ومرحلة الشباب والتوسع ، ومرحلة الشباب والناضجة 1586 و 1653 و 1526 على التوالي. كانت النصوص المستقلة المعبر عنها تفاضليًا في مرحلة الفاكهة الصغيرة ومرحلة التوسع ومرحلة النضج 1074 و 801 و 1871 على التوالي تم التعبير عنها فقط في مرحلة واحدة.

تحليل اتجاه التعبير لجينات التعبير التفاضلي في ثلاث فترات

تم تجميع جينات تعبيرية مختلفة 5921 و 5744 بشكل إضافي باستخدام عامل تعبيري متسلسل قصير المدى (STEM) لتحليل اتجاه التعبير في الكمثرى والتفاح على التوالي [29]. حددت 16 ملف تعريف للتعبير النموذجي في كل من الكمثرى والتفاح (الشكل 4). يتم تعيين ملفات التعريف الملونة ذات دلالة إحصائية مع ص & لتر 0.05. من بين الملامح الملونة السبعة للكمثرى المستنبتة ، تم تنظيم الملف الشخصي 13 (397 جينًا) و 15 (239 جينًا) و 12 (208 جينًا) و 11 (319 جينًا) ، والملف الشخصي 0 (381 جينًا) و 3 (179 جينًا) كانت خاضعة للتنظيم السفلي وخضع الملف الشخصي 14 (484 جينًا) للتنظيم أولاً ثم خضع للتنظيم السفلي (الشكل 4A1). أربعة ملامح (جينات 2007) ملونة بشكل ملحوظ في الكمثرى البرية وجميعهم خاضعة للتنظيم السفلي (الشكل 4A2).

ملامح اتجاه التعبير للجينات المعبر عنها تفاضليًا في ثلاث مراحل من الصنف الكمثرى (أ 1) الكمثرى البرية (أ 2) ، صنف التفاح (ب 1) والتفاح البري (B2) على التوالى. كان عدد جينات التعبير التفاضلي في الكمثرى والتفاح 5921 ، 5744 على التوالي. يمثل كل مربع ملف تعريف تعبير مختلفًا ، وتحتوي الملفات الشخصية الملونة على عدد ذي دلالة إحصائية من الجينات المخصصة لها ص & lt 0.05 ، الزاوية اليسرى العلوية للرقم الرقمي هي معرف ملف التعريف ، وتمثل الزاوية اليمنى السفلية ص القيمة

كان هناك 6 ملامح ملونة بشكل ملحوظ في ثلاث مراحل من التفاح الصنف (الشكل 4 ب 1) و 3 ملامح في التفاح البري (الشكل 4 ب 2). في تفاح الصنف ، تم تنظيم الملف الشخصي 7 (539 جينًا) و 2 (345 جينًا) و 3 (298 جينًا) و 0 (382 جينًا) ، وتم تنظيم الملف الشخصي 8 (692 جينًا) ، والملف الشخصي 9 (623 جينًا) ) في البداية ثم خضع للتنظيم (الشكل 4 ب 1). في التفاح البري ، تم تنظيم الملف الشخصي 8 (726 جينًا) والملف الشخصي 12 (174 جينًا) ، وخضع الملف الشخصي 0 (299 جينًا) للتنظيم المنخفض (الشكل 4 ب 2).

انتقل إلى تحليل إثراء الشرح الوظيفي لجينات التعبير التفاضلي

تم إجراء تحليل التخصيب GO على 5921 و 5744 من جينات التعبير المختلفة في الكمثرى والتفاح على التوالي ، منها 4332 و 4378 جينًا يمكن شرحها بمصطلح 3261 و 3190 GO على التوالي. التخصيب الوظيفي GO الممنوح مع التوزيع الهندسي الفائق ، والذي فيه ص & lt 0.05 تم إثرائها بشكل كبير إلى 855 و 533 مصطلحًا (الشكل التكميلي S1) في الكمثرى والتفاح على التوالي. شروط GO مع -log (ص-value) و gt 6 إلى 36 مسارًا بيولوجيًا و 16 مكونًا خلويًا و 18 وظيفة جزيئية في جينات التعبير المختلفة للكمثرى (الشكل 5 أ) و 17 مسارًا بيولوجيًا و 16 مكونًا للخلايا و 6 وظائف جزيئية في جينات التعبير المختلفة للتفاح (الشكل 5 أ). 5 ب). مصطلح GO المشترك مع -log (ص-value) & gt 6 في جينات التعبير المختلفة للكمثرى والتفاح في 8 مسارات بيولوجية و 4 مكونات للخلايا و 4 وظائف جزيئية (الشكل 5 ج). كانت المصطلحات المخصبة الرئيسية في العمليات البيولوجية هي عملية التحلل ، وعملية التخليق الحيوي للأحماض الدهنية ، والاستجابة للإجهاد ، والاستجابة للإجهاد التأكسدي ، وعملية التخليق الحيوي المشيمي ، والاستجابة للسيتوكينين ، والتمثيل الضوئي ، والاستجابة لأيون الكادميوم (الشكل 5 ج).

الإثراء الوظيفي لجميع الجينات المعبر عنها تفاضليًا باستخدام –log (ص-value) & gt 6. 36 مسارًا بيولوجيًا و 16 مكونًا للخلايا و 18 وظيفة جزيئية في الكمثرى (أ) ، 17 مسارًا بيولوجيًا ، 16 مكونًا للخلايا و 6 وظائف جزيئية في التفاح (ب). 8 مسارات بيولوجية و 4 مكونات خلوية و 4 وظائف جزيئية (ج) كلاهما غني بالكمثرى والتفاح

جينات التعبير التفاضلي مسار إثراء تحليل الكمثرى والتفاح على ثلاث مراحل

يمكن أن تساعد موسوعة كيوتو للجينات ومسار الجينوم (KEGG) في تحديد الوظائف البيولوجية وتفاعلات الجينات [30]. استنادًا إلى مقارنة مع قاعدة بيانات KEGG ، من بين 40402 جينًا في الكمثرى ، كان لـ 13102 (32.43٪) من الجينات تطابقات كبيرة وتم تخصيصها لـ 133 مسارًا لـ KEGG من 56781 جينًا في التفاح ، كان لدى 18459 (32.51٪) جينات تطابق كبير وكانت مخصصة لـ 134 مسار KEGG. من بين 5921 جينًا مختلفًا للتعبير في الكمثرى ، تم تعيين 1929 جينًا إلى 123 مسارًا لـ KEGG ، و 50 مسارًا باستخدام ص & lt 0.05 كانت تخصيبًا كبيرًا (الشكل التكميلي S2). من بين 5744 جينًا مختلفًا للتعبير عن التفاح ، شارك 2578 جينًا في 128 مسارًا ، و 30 مسارًا باستخدام ص & lt 0.05 كانت تخصيبًا كبيرًا (الشكل التكميلي S3). تم إثراء 24 مسارًا بشكل كبير في كل من الكمثرى والتفاح ، والتي تشارك بشكل رئيسي في المسارات الأيضية (578 جينًا في الكمثرى ، 911 جينًا في التفاح) ، التخليق الحيوي للمستقلبات الثانوية (348 جينًا في الكمثرى ، 553 جينًا في التفاح) ، استقلاب الكربون (85 جينًا) في الكمثرى ، 161 جينًا في التفاح) والتركيب الحيوي للأحماض الأمينية (72 جينًا في الكمثرى ، 136 جينًا في التفاح) إلخ (الشكل 6).

إثراء مسار KEGG في كل من جينات التعبير التفاضلي الكمثرى والتفاح مع ص & لتر 0.05. يمثل الإحداثي مسارات 24 KEGG المشتركة

تحليل وحدات التعبير المشترك لجينات التعبير التفاضلي للكمثرى والتفاح على ثلاث مراحل

تم التعبير عن جين 1068 و 969 بشكل مختلف خلال جميع مراحل التطور في الكمثرى والتفاح على التوالي. وفقًا للعلاقة بين التعبير الجيني ، تم تقسيم هذه الجينات 1068 و 969 إلى 9 نماذج على التوالي باستخدام WGCNA مع Power = 14 (الشكل 7) [31]. الوحدة الرمادية ، وهي وحدة غير وظيفية ، بها 4 و 2 من الجينات في الكمثرى والتفاح على التوالي. تم فحص الارتباط بين الوحدات وست عينات. كانت معظم الوحدات التسع مرتبطة سلبًا مع بعضها البعض في ست عينات ، لكن الارتباط الإيجابي كان مهمًا بشكل خاص في مراحل معينة (ص & lt 0.05). أشار تصنيف الوظيفة إلى اللون الأصفر في WP_t1 (ص = 0.97 ، 84 جينًا) مرتبطة بعملية التخليق الحيوي للفلافونويد ، والاستجابة لأيون الكادميوم وما إلى ذلك. أحمر في WP_t3 (ص = 0.90 ، 78 جينًا) استجابة للنسخ ، كثافة عالية للضوء ، حرارة ، إجهاد ملح وحمض الأبسيسيك الأزرق في CP_t1 (ص = 0.90 ، 112 جينًا) المرتبطة بالنسخ ، عملية تحلل السكر ، التمثيل الضوئي البني في CP_t2 (ص = 0.98، 85 جينًا) يركز أيضًا على الاستجابة للحرمان من الماء وحمض الأبسيسيك والضغط البارد والملح الأخضر في CP_t3 (ص = 0.96 ، 78 gens) التركيز على تنظيم جدار الخلية من النوع النباتي ، وعملية التمثيل الغذائي للذكور وما إلى ذلك (الشكل 7 أ ، ملف إضافي 1). الوحدة النمطية الحمراء في WA_t1 (ص = 0.93، 62 gens) المرتبطة بعملية التخليق الحيوي للفلافونويد ، عملية التخليق الحيوي المركبة المحتوية على الأنثوسيانين ، والاستجابة للإجهاد البني في WA_t3 (ص = 0.93 ، 117 جينًا) المرتبطة بالنسخ والاستجابة الدفاعية والاستجابة للوردي البارد في CA_t1 (ص = 0.85 ، 35 جينًا) المرتبطة بالاستجابة لتحفيز الضوء ، التحلل المائي ATP المقترن بالبروتون الأسود في CA_t2 (ص = 0.86 ، 41 جينًا) المرتبطة بالاستجابة للحرمان من الماء ، والتمثيل الضوئي ، والاستجابة لأصفر السيتوكينين في CA_t3 (ص = 0.90 ، 72 جينًا) المرتبطة بالترجمة والاستجابة الدفاعية وعملية التخليق الحيوي للأحماض الدهنية (الشكل 7 ب ، ملف إضافي 1). بالاقتران مع التفاعلات الجينية داخل كل وحدة ، تم اختيار 10 جينات رئيسية معبر عنها بشكل كبير في كل وحدة من الكمثرى والتفاح لإجراء تحليل مستوى التعبير (ملف إضافي 2 ، الشكل التكميلي S4).

وحدة التعبير المشترك لـ 1068 و 969 جينات التعبير التفاضلي المشترك في ثلاث مراحل من الكمثرى (أ) والتفاح (ب) على التوالى. فحص قوة العتبة الناعمة مثل 14 في ص 2 = 0.8 (خط أحمر) الذي يقسم الجينات إلى 9 وحدات لونية. أظهر الارتباط بين كل وحدة وست عينات مع معامل الارتباط و ص القيمة ، الأحمر يشير إلى ارتباط إيجابي والأزرق يعني ارتباط سلبي


الانتماءات

مختبر الدولة الرئيسي لعلم الوراثة وتربية الأشجار ، معهد أبحاث الغابات ، الأكاديمية الصينية للغابات ، بكين ، 100091 ، الصين

كاي يون هي ، كاي كوي ، جيان غو زانغ ، آي غو دوان وأمبير يان فاي زينغ

المختبر الرئيسي لتربية الأشجار وزراعتها ، إدارة الغابات الحكومية ، معهد أبحاث الغابات ، الأكاديمية الصينية للغابات ، بكين ، 100091 ، الصين

كاي يون هي ، كاي كوي ، جيان غو زانغ ، آي غو دوان وأمبير يان فاي زينغ

معهد بحوث حشرات الموارد ، الأكاديمية الصينية للغابات ، كونمينغ ، 650224 ، الصين


شاهد الفيديو: بناء تصنيع البروتين في الخلية: النسخ والترجمةافضل شرح (ديسمبر 2022).