معلومة

10.4: التمرين 1 - عزل البلازميد باستخدام مجموعة ZyppyTM - علم الأحياء

10.4: التمرين 1 - عزل البلازميد باستخدام مجموعة ZyppyTM - علم الأحياء


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

الحصول على الخلايا البكتيرية الحاملة للبلازميد

1. اجمع الثقافات البكتيرية الثلاث التي تم تخصيصها لمجموعتك. تم تحويل البكتيريا مع البلازميدات التي تحتوي على إما S. cerevisiae MET الجين ، لها S. بومبي تقويم العظام أو البكتيرية لاكز. تحتوي كل مزرعة على 0.6 مل من وسط Luria Bertani (LB) مع 100 ميكروغرام / مل من الأمبيسلين. نمت الثقافات بين عشية وضحاها عند 37 درجة مئوية ، ومن المتوقع أن تكون كثافة الخلية 3-4 × 109 خلية / مل.

ما هو الغرض من الأمبيسلين؟ كيف يعمل؟

التحلل القلوي للخلايا البكتيرية التي تؤوي البلازميدات

2. إضافة 100 ميكرولتر من 7X الأزرق Zyppy تحلل العازلة إلى الأنبوب. امزج المخزن والخلايا عن طريق قلب الأنبوب برفق 4-6 مرات. كن لطيفآ! قد يؤدي الضغط الميكانيكي المفرط إلى تفتيت الحمض النووي للكروموسومات البكتيري وتلويث تحضير البلازميد. يجب أن يتحول المحلول من اللون الأزرق الغائم إلى الأزرق الصافي.

ملاحظة: هذه الخطوة حساسة للوقت !! انتقل إلى الخطوة التالية في غضون دقيقتين.

فصل DNA البلازميد عن البروتينات المشوهة والحمض النووي الكروموسومي

3. أضف 350 ميكرولتر من المخزن المؤقت لتحييد Zyppy الأصفر البارد (w / RNAase A) إلى الأنبوب ، واخلط المحتويات جيدًا عن طريق قلبها عدة مرات. سيتحول المحلول إلى اللون الأصفر عند اكتمال المعادلة ، وسيتكون راسب مصفر. اقلب العينة 3-4 مرات إضافية لضمان التعادل الكامل. تأكد من عدم وجود المزيد من اللون الأزرق.

4. طرد الخليط بأقصى سرعة لمدة 3 دقائق لإزالة البروتينات المشوهة والحمض النووي الكروموسومي. لاحظ أن الأنبوب يحتوي على راسب أبيض متجمع على جانب واحد من الأنبوب. يحتوي طاف أصفر شاحب على DNA البلازميد.

تنقية DNA البلازميد عن طريق الامتزاز لراتنج السيليكا.

5. باستخدام ماصة ، نقل بعناية طاف أصفر شاحب (~ 900 ميكرولتر) إلى عمود تدور Zyppy. احرص على عدم نقل أي من الراسب الأصفر! قم بتسمية العمود - وليس أنبوب التجميع الذي ستستخدمه في الخطوة التالية.

6. ضع العمود مع أنبوب التجميع المتصل بجهاز الطرد المركزي وقم بالدوران بأقصى سرعة لمدة دقيقة واحدة تقريبًا.

7. قم بإزالة العمود وتجاهل التدفق من خلال أنبوب التجميع.

8. ضع العمود مرة أخرى في أنبوب التجميع وأضف 200 ميكرولتر من محلول Zyppy Endo-Wash. (يحتوي Endo-Wash على غوانيدين هيدروكلوريد وأيزوبروبانول ، والذي سيزيل البروتينات المشوهة من الراتينج).

9. جهاز طرد مركزي لمدة دقيقة واحدة تقريبًا وتجاهل التدفق من خلاله.

10. ضع العمود مرة أخرى في أنبوب التجميع ثم أضف 400 ميكرولتر من المخزن المؤقت Zyppy Column Wash. (هذه الخطوات تزيل الأملاح الملوثة.) جهاز طرد مركزي لمدة دقيقة واحدة تقريبًا. إفراغ أنبوب التجميع.

11. كرر خطوة الطرد المركزي لإزالة أي إيثانول متبقي.

أزل DNA البلازميد

12. انقل عمود Zyppy إلى أنبوب طرد مركزي نظيف (وملصق مناسب) 1.5 مل ، تاركًا غطاء الأنبوب مفتوحًا.

13. بعناية ، أضف 100 ميكرولتر من شطف المخزن المؤقت مباشرة أعلى سرير العمود الأبيض. ضع طرف الماصة في أقرب مكان ممكن من سرير العمود الأبيض دون ثقبه. قم بتوزيع المخزن المؤقت على الجزء العلوي من السرير المصنوع من الراتينج ببطء.

14. اسمح للمخزن المؤقت بالتسرب إلى العمود عن طريق ترك العمود يجلس في أنبوب الطرد المركزي الدقيق لمدة دقيقة واحدة.

15. طرد العمود بأقصى سرعة لمدة 30 ثانية. مرة أخرى ، من الجيد ترك الغطاء مفتوحًا أثناء هذا الدوران.

16. قم بإزالة العمود ، وقم بتغطية الأنبوب ووضعه على الجليد. يجب أن يحتوي هذا الأنبوب الآن على DNA البلازميد. قم بتسمية الأنبوب. احفظ الحمض النووي للتجارب المستقبلية.


دمج مهام الإنترنت في مقرر معمل الكيمياء الحيوية / البيولوجيا الجزيئية

يتمثل التحدي الرئيسي في تعليم الطلاب الجامعيين في تعريفهم بالإنترنت وتعليمهم كيفية استخدامها بفعالية في البحث. تحقيقا لهذه الغاية ، تم تطوير مهمة عبر الإنترنت لتعريف الطلاب على مواقع الويب المتعلقة بالبحوث الطبية الحيوية في بداية دورة معمل الكيمياء الحيوية / البيولوجيا الجزيئية. تغطي المواقع الأساسية المقدمة العديد من الموضوعات ، بما في ذلك البحث عن تسلسلات محددة للحمض النووي ، ورسم خرائط إنزيم التقييد ، وطي الحمض النووي الريبي ، وتحليل صور البروتين ثلاثية الأبعاد ، والبحث في الأدبيات. تم دمج مهارات الإنترنت المكتسبة حديثًا في جوانب أخرى من الدورة المختبرية. في المثال الموضح هنا ، يقوم الطلاب بتسلسل إدخالات الحمض النووي من مستعمرات بكتيرية تم اختيارها عشوائيًا تم تحضيرها من مكتبة بلازميد بشرية (كدنا). يتم استخدام تسلسل الحمض النووي الذي تم الحصول عليه للبحث في قواعد البيانات على الإنترنت المقدمة في تعيين الإنترنت الأولي لتحديد ما إذا كان قد تم تحديد cDNAs بالفعل. تمنح وحدة "المعمل الرطب" التسلسلية ، إلى جانب مهمة الإنترنت ، للطلاب خبرة في أربعة مجالات. 1) تنقية DNA البلازميد ، 2) إجراء عمليات هضم نوكلياز تقييدية على DNA البلازميد ، 3) تسلسل الحمض النووي مزدوج الشريطة ، و 4) مقارنة بيانات التسلسل التي تم الحصول عليها مع تسلسل الحمض النووي المعروف في قاعدة بيانات الجينوم البشري بطريقة تحاكي البحث خبرة.

يتطلب إعداد طلاب البكالوريوس في الكيمياء الحيوية والبيولوجيا الجزيئية لشغل وظائف منتجة في القرن الحادي والعشرين أكثر بكثير من مجرد التدريس في الفصول الدراسية التقليدية. يحتاج الطلاب إلى خبرة عملية في طرح أسئلة البحث ذات الصلة وصياغة فرضيات قابلة للتطبيق. يجب أن يتعلم الطلاب أيضًا كيفية العثور على البحوث التي تم إجراؤها بالفعل وفهمها وتقييمها بشكل نقدي ، بالإضافة إلى القدرة على الوصول إلى قواعد بيانات المعلومات. في السنوات القليلة الماضية ، أصبحت هذه المعلومات متاحة على نطاق واسع عبر الإنترنت. يحتاج الطلاب إلى أن يتعلموا كيفية استخدام الإنترنت بفعالية وكفاءة في أسرع وقت ممكن في العملية التعليمية.

كان أحد أهدافي التدريسية هو تنظيم دورة من شأنها أن تمكن الطلاب من تعلم كيفية العمل في بيئة بحثية ومن ثم أن يكونوا قادرين على استخدام هذه المهارات للعمل في مختبر أبحاث داخل الحرم الجامعي أو خارجه. ولهذه الغاية ، قمت بتطوير Chem 486 (مختبر الحمض النووي ، انظر المرجع 1 للحصول على معلومات إضافية). تتمثل إحدى المهام الأولى المعطاة في استخدام الإنترنت لاسترداد أنواع مختلفة من المعلومات المتعلقة بالجينات ومنتجات الجينات. يتم إجراء العديد من المعامل الرطبة طوال الفصل الدراسي. في المثال الموضح هنا ، يتم تقديم وحدة تعليمية للمختبر الرطب حيث يتعلم الطلاب مبادئ تحضير ومعالجة الحمض النووي للبلازميد ، ومبادئ مكتبة cDNA ، وتسلسل الحمض النووي. باستخدام البيانات التي تم الحصول عليها من تسلسل الحمض النووي ، يبحث الطلاب في قاعدة بيانات الجينوم البشري لتحديد ما إذا كان قد تم بالفعل تحديد cDNA المتسلسل. تتمثل النقطة الرئيسية في هذا التمرين في إظهار الطلاب أنه يمكنهم إنشاء معلومات متسلسلة من استنساخ cDNA غير معروف واستخدام معلومات التسلسل للبحث في قواعد البيانات التي يمكن الوصول إليها عبر الإنترنت.


مقدمة

البروتينات هي اللبنات الأساسية للحياة ، وتشارك في جميع التفاعلات الكيميائية الحيوية تقريبًا في الحياة وتعتبر واحدة من أكثر الجزيئات الكبيرة تنوعًا التي تم اكتشافها 1. يمكن أن تعمل البروتينات كمحفز بيولوجي (مثل الأميليز) ، أو وسيط نقل (مثل الهيموجلوبين) ، أو حتى كمكون هيكلي للسقالات الميكانيكية (مثل العضلات الهيكلية) للكائن الحي. تحتوي البروتينات على مجموعة واسعة من المجموعات الوظيفية على مونومرات الأحماض الأمينية. تتواجد الثيول والثيويثر والكربوكساميد والكحول والأحماض الكربوكسيلية بشكل شائع في جزيئات البروتين 2. عادة ما يحدد ترتيب المجموعات الوظيفية الخصائص النهائية للبروتين. تحتوي إحدى مجموعات البروتينات المثيرة للاهتمام على عدد كبير من المجموعة الوظيفية الكارهة للماء والتي تسمح لها بتكوين نموذج بروتين عبر الغشاء قادر على نقل الإشارات من المصفوفة خارج الخلية إلى جسم الخلية (الشكل 1) 3. هذا مهم بشكل خاص للخلايا لأنه يسهل الكشف عن وجود مسببات الأمراض قبل حدوث أي إصابة 4.

يكتشف NBS و LRR البروتينات المستجيبة من مسببات الأمراض. غالبًا ما يحتوي بروتين NBS-LRR أيضًا على مجال TIR أو CC عند طرفه N المهم لتنشيط الاستجابة المناعية. تنقل العدوى بمسببات الأمراض إشارات بروتينية إلى الخلية النباتية التي تنشط البروتين R وتؤدي إلى تنشيط المناعة التي يسببها المستجيب. TIR ، Toll / interleukin-1 ، المجال الشبيه بمستقبلات CC ، المجال الملفوف NBS ، موقع ربط النوكليوتيدات LRR ، يكرر بروتين R الغني بالليوسين ، بروتين المقاومة. تم إعادة بناء الشكل من Spoel و Dong 3.

يتم تضمين الأهمية الهيكلية للبروتينات في العديد من المواد التعليمية القائمة على العلم. في مجالات الكيمياء والكيمياء الحيوية والبيولوجيا الجزيئية ، غالبًا ما يتم شرح الوظائف الأساسية لبنية البروتين على أنها مفاهيم مجردة. ومن ثم ، قد يواجه الطلاب غالبًا صعوبات في فهم المفاهيم الأساسية للبروتين بما يتجاوز مفهوم "الأقفال والمفاتيح" الشائع الاستخدام 5. يمكن تحقيق فهم أعمق وتقدير أفضل للمفاهيم المتضمنة في العديد من تفاعلات البروتين والبروتين من خلال توفير خبرة عملية 6 وربطها بتطبيقات البحث الفعلية.

يتضمن أحد التطبيقات الواقعية المهمة وذات الصلة اكتشاف وتحديد أشكال البروتين المحفوظة التي ترتبط بالتعبير عن جينات مقاومة الأمراض في نباتات المحاصيل. هناك العديد من الهياكل الدافعة المسؤولة عن نظام نقل الإشارات في أجهزة المناعة النباتية 7 ، 8. يركز هذا البحث على اثنين من الأشكال البروتينية المحفوظة ، وهما نموذج موقع ارتباط النوكليوتيدات المميز (NBS) وعزف التكرارات الغنية باللوسين (LRR). ترتبط أشكال NBS و LRR كمركب يتوسط المناعة التي يسببها المستجيب في النباتات (الشكل 1). عزر NBS مسؤول عن تنشيط كينازات في مسارات تحويل الإشارة 9 بينما يعمل مجال LRR في ربط الترابط والتعرف على العوامل الممرضة لبروتينات المقاومة 10.

تخضع التسلسلات الإجمالية بين أفراد عائلة الجينات المقاومة (NBS-LRR) للعديد من الاختلافات ولا يمكن اكتشافها مباشرةً بواسطة تقنية التهجين المتصالب. ومع ذلك ، فإن الامتدادات القصيرة لتسلسل البروتين داخل الجين محفوظة جيدًا بين معظم جينات المقاومة 8 ، 9. تمكّن هذه الأشكال المحفوظة من استخدام تقنية تعتمد على تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) لعزل نظائر الجينات المقاومة (RGA) من النباتات المقاومة المعروفة أو لاستخدامها كعلامات لفحص مواد التكاثر بحثًا عن النباتات المعرضة للمقاومة / المقاومة المحتملة. استخدام البادئات المتدهورة ، والتي هي خليط من الاشعال مع بدائل مختلفة في النيوكليوتيدات المختارة المستهدفة في مجال NBS ، من الممكن تضخيم جينات NBS-LRR الجديدة على أساس التماثل التسلسلي. هنا ، قمنا بالإبلاغ عن تمرين معملي شامل يشمل كل من التقنيات الجزيئية وبرامج المعلوماتية الحيوية لتحليل تسلسل البروتين الذي يتضمن عزل الحمض النووي الريبي بالكامل ، وتضخيم PCR لتسلسلات cDNA المستهدفة التي تتوافق مع الأشكال البروتينية لجينات مقاومة الأمراض النباتية ، وتصور هلام agarose لأمبليكون PCR من قريب الفلفل الأسود البري ، بايبر كولوبرينوم.


AP Lab 3 نموذج 3 الانقسام الخيطي

مختبر 3 الانقسام والانقسام الاختزالي

تأتي جميع الخلايا الجديدة من خلايا موجودة مسبقًا. يتم تشكيل خلايا جديدة بواسطة karyokinesis - عملية في انقسام الخلية والتي تنطوي على تكرار نواة الخلية والتحرك الخلوي - وهي عملية في انقسام الخلية التي تنطوي على تقسيم السيتوبلازم. نوعان من الانقسام النووي هما الانقسام والانقسام الاختزالي. ينتج الانقسام الخيطي عادةً عن خلايا جسدية أو جسمية جديدة. يشارك انقسام الخلايا الانقسامية في تكوين كائن حي بالغ من بويضة مخصبة ، والتكاثر اللاجنسي ، والتجديد ، وصيانة أو إصلاح أجزاء الجسم. ينتج الانقسام الاختزالي عن تكوين الأمشاج في الحيوانات أو الأبواغ في النباتات. تحتوي الخلايا المتكونة على نصف عدد الكروموسومات للخلية الأم.

من الأفضل ملاحظة الانقسام الخيطي في الخلايا التي تنمو بوتيرة سريعة ، كما هو الحال في بلاستولا السمكة البيضاء أو أطراف خلايا جذر البصل. تحتوي أطراف الجذر على منطقة نمو خاصة تسمى النسيج الإنشائي القمي حيث تخضع أعلى نسبة من الخلايا للانقسام. تتشكل بلاستولا السمكة البيضاء مباشرة بعد إخصاب البويضة ، وهي فترة من النمو السريع والعديد من الانقسامات الخلوية حيث يمكن ملاحظة الانقسام الفتيلي.

هناك عدة مراحل مدرجة في الانقسام قبل وأثناء وبعد. يحدث الطور البيني مباشرة قبل أن تدخل الخلية الانقسام الفتيلي. خلال الطور البيني ، سيكون للخلية نواة مميزة مع نواة واحدة أو أكثر ، والتي تمتلئ بشبكة دقيقة من خيوط الكروماتين. خلال الطور البيني ، يحدث تكرار الحمض النووي. بعد الازدواجية ، تكون الخلية جاهزة لبدء الانقسام. Prophase هو عندما يثخن الكروماتين حتى يتكثف في كروموسومات مميزة. يذوب الغلاف النووي وتكون الكروموسومات في السيتوبلازم. تبدأ أيضًا العلامات الأولى للمغزل المحتوي على الأنابيب الدقيقة في الظهور. بعد ذلك تبدأ الخلية في الطور الطوري. خلال هذه المرحلة ، يرتبط مركز كل كروموسوم بالمغزل وينتقل إلى مركز الخلية. يسمى هذا الوضع المستوي لوحة الطور. تنفصل الكروماتيدات وتسحب إلى أقطاب متقابلة أثناء بدء الطور. بمجرد فصل الكروماتيدات ، يسمى كل منهما بالكروموسوم. المرحلة الأخيرة من الانقسام هي الطور النهائي. في هذا الوقت ، يتم تشكيل غلاف نووي جديد وتفكك الكروموسومات تدريجيًا ، وتشكل شبكة الكروماتين الدقيقة التي تظهر في الطور البيني. قد يحدث التحلل الخلوي مكونًا ثلمًا انقسامًا سيشكل خليتين ابنتيتين عند فصلهما.

يعتبر الانقسام الاختزالي أكثر تعقيدًا من المراحل الانقسامية وينطوي على قسمين نوويين يسمى Meiosis I و Meiosis II. إنها تؤدي إلى إنتاج أربعة أمشاج أحادية الصيغة الصبغية وتسمح بالاختلاف الجيني بسبب عبور المادة الوراثية. قبل العملية ، يقوم الطور البيني بتكرار الحمض النووي. خلال الطور الأول ، المرحلة الأولى من الانقسام الاختزالي ، تتحرك الكروموسومات المتجانسة معًا لتشكيل رباعي وتبدأ أيضًا المشابك. هذا هو المكان الذي يحدث فيه العبور ، مما يؤدي إلى إعادة تركيب الجينات. في الطور الأول ، تنتقل الرباعي إلى لوحة الطور الطوري في منتصف الخلية كما هو الحال في الطور الانقسامي. الطور الأول يعيد الرباعي إلى شكله الأصلي الذي تقطعت به السبل وينقله إلى أقطاب متقابلة. خلال Telophase I ، يتم الانتهاء من centriole وتستعد الخلية للتقسيم الثاني. في Meiosis II ، في Prophase II ، ينتقل المريكزون إلى نهايات متقابلة من مجموعة الكروموسوم. في الطور الثاني ، تتمركز الكروموسومات داخل مركز كل خلية ابنة. يتضمن Anaphase II مركز فصل الكروماتيدات. يحدث Telophase II عندما تنفصل الكروموسومات المنقسمة إلى خلايا مختلفة ، تُعرف بالخلايا الفردية.

يمكن استخدام Sordaria fimicola ، وهو نوع من الفطريات غير الفطرية ، لإثبات نتائج العبور خلال الانقسام الاختزالي. تقضي معظم حياتها أحادية العدد وتصبح ثنائية الصبغة فقط عندما يؤدي اندماج سلالتين مختلفتين إلى اندماج نوعين مختلفين من النوى أحادية الصيغة الصبغية لتكوين نواة ثنائية الصبغيات. ينتج الانقسام الاختزالي ، متبوعًا بالانقسام الفتيلي ، في Sordaria تكوين ثمانية أبواغ أسكوية أحادية الصيغة الصبغية داخل كيس يسمى أسكوس. يتم احتواؤها في البيريثسيوم ، وهو جسم مثمر ، حتى تنضج بدرجة كافية ليتم إطلاقها. يعكس ترتيب الجراثيم بشكل مباشر حدوث العبور أم لا. إذا كان الأسكوس يحتوي على أربعة أبواغ تان على التوالي وأربعة أبواغ سوداء متتالية 4: 4 ترتيب ، فلن يحدث أي عبور. إذا كان الأسكي يحتوي على الأبواغ الأسكوية السوداء والسمراء في مجموعات من ترتيبين -2: 2: 2: 2 ، أو زوجين من الأبواغ الأسكوية السوداء وأربعة أبواغ أسكسية في الوسط -2: 4: 2 ترتيب ، فقد حدث العبور.

يمكن فحص مراحل الانقسام الفتيلي في بلاستولا السمكة البيضاء ونصائح خلايا جذر البصل باستخدام المجهر. تحدث عملية العبور ومراحل الانقسام الاختزالي فقط أثناء تكوين الأمشاج والجراثيم.

المواد اللازمة لهذا التمرين هي مجهر ضوئي ، وشرائح محضرة من بلاستولا السمكة البيضاء ، ونصائح خلايا جذر البصل ، وقلم رصاص ، وورقة.

بالنسبة لهذا الجزء من المختبر ، فإن المواد اللازمة عبارة عن كيس من خرز التوصيل المرمّز بالألوان ومغناطيس & # 8220 Centromeres ، & # 8221 عدة صواني ، وملصقات عليها علامات الطور البيني ، الطور ، الطور ، الطور ، الطور البيني.

التمرين 3 أ -1: مراقبة الانقسام المتساوي

أثناء هذه التجربة ، يجب ملاحظة الشرائح المحضرة من بلاستولا السمكة البيضاء ونصائح جذر البصل تحت أهداف 10X و 40 X لمجهر ضوئي. يجب تحديد ورسم خلية في كل مرحلة من مراحل الانقسام الفتيلي.

التمرين 3 أ -2: حان وقت تكرار الخلية

في هذا القسم من المعمل ، استخدم أعلى هدف للطاقة على المجهر لمراقبة وإحصاء كل خلية في مجال الرؤية. يجب عد الخلايا وفقًا لمرحلة الانقسام الفتيلي الموجودة فيها. يجب فحص وإحصاء 200 خلية ومجال رؤية على الأقل. ثم يتم تسجيل النسبة المئوية للخلايا في كل مرحلة ويتم حساب مقدار الوقت المستغرق في كل مرحلة.

التمرين 3 ب 1: محاكاة الانقسام الاختزالي

بالنسبة لهذا الجزء من التجربة ، سيتم استخدام مجموعة محاكاة الكروموسوم لإثبات الانقسام الاختزالي. مجموعتان من خيطين لكل منهما لون مختلف ، متصلتان لمحاكاة تكرار الحمض النووي في كل من الأزواج المتجانسة ، وهي المرحلة التي تسمى الطور البيني. بعد ذلك ، تم ربط الكروموسومات لتمثيل التشابك العصبي في المرحلة المعروفة باسم الطور. تم تشابك أقسام الخرز بين الأزواج كما هو الحال في العبور ومحاذاتها عند خط الاستواء. حبات من كل زوج تبادل الأماكن ، والتي تمثل الطور الاستوائي. بعد ذلك ، تم محاكاة الطور بواسطة الأزواج المتجانسة التي يتم فصلها إلى جوانب متقابلة من الدرج ، أو من حيث & # 8220 الكروموسومات ، & # 8221 الخلية. دفع الكروموسومات إلى خليتين منفصلتين ، أو صواني ، تحاكي الطور التليفي.

تم محاكاة الانقسام الاختزالي II أيضًا. يظهر Prophase II من خلال فصل الخرزتين ، ولكن لا يوجد تغيير حقيقي. تنتقل الكروموسومات مرة أخرى إلى خط الاستواء خلال الطور الثاني ، وفي الطور الثاني ، يتم فصل الكروماتيدات ونقلهما إلى أقطاب متقابلة. يفصل Telophase II الكروموسومات إلى أربع خلايا مختلفة.

التمرين 3 ب .2: العبور أثناء الانقسام الاختزالي في سورداريا

لوحظت الشرائح المحضرة لفطر Sordaria fimicola تحت المجهر الضوئي. تم التعرف على أسكي إما 4: 4 أو أسكي يظهر كروس أوفر. تم تسجيل هذه القراءات. تم حساب النسبة المئوية لكل وحدة وخريطة.

لماذا هو أكثر دقة استدعاء الانقسام & # 8220 النووية النسخ المتماثل & # 8221 بدلاً من & # 8220 الانقسام الخلوي & # 8221؟ إنه أكثر دقة لوصف الانقسام بأنه & # 8220n النووى المتماثل & # 8221 لأن الخلية لا تنقسم في أي من الخطوات الانقسامية. إن عملية الانقسام الفتيلي بأكملها عبارة عن سلسلة من الخطوات التي تقسم النواة إلى نواتين منفصلتين في أقطاب متقابلة. عندما تنقسم الخلية حقًا ، تُعرف العملية باسم الحركية الخلوية.

اشرح سبب اختيار بلاستولا السمكة البيضاء ونصائح جذر البصل لدراسة الانقسام الفتيلي. الأريمة هي ما يتم تكوينه مباشرة بعد الإخصاب ، وبالتالي تنمو الخلية ويمكن رؤية العديد من المراحل في هذا الوقت. تعد خلايا طرف جذر البصل أيضًا عينات تتضمن قدرًا كبيرًا من نمو الخلايا ونسبة عالية من الخلايا التي تعاني من الأنشطة الانقسامية.

الجدول 1: عدد الخلايا في كل مرحلة من مراحل الانقسام ومقدار الوقت المستغرق في كل مرحلة


نتائج

تم تحديد Pbk باعتباره بروتينًا رئيسيًا للتوسط في تكاثر خلايا بيتا التعويضية التي يسببها HFD باستخدام نموذج فأر مختل وظيفي Pbk kinase. ميكانيكيًا ، يقوم عامل النسخ JunD بتجنيد مجمع menin و HDAC3 لمحفز Pbk لتقليل أستلة هيستون H3 ، مما يؤدي إلى قمع جيني لتعبير Pbk. أدى الحظر الدوائي لمثبطات مينين التفاعل بين مينين وجيند (MIs) إلى زيادة تكاثر خلايا بيتا التعويضية ، مما أدى إلى تحسن كل من ارتفاع السكر في الدم وتحمل الجلوكوز في الفئران المصابة بداء السكري التي يسببها HFD ، مما يدل على التأثير الرئيسي لـ MIs على التعبير عن تكاثر خلايا بيتا و Pbk في الماوس عارضات ازياء.


خلفية

الكهربائي

كما تعلم من مختبر PAGE التيروزيناز ، فإن الرحلان الكهربائي هو عملية فصل الجسيمات في مجال كهربائي. مثل PAGE ، تقوم جميع الأشكال الشائعة للفصل الكهربائي تقريبًا بالفصل في مصفوفة هلامية شبه صلبة حيث يتكون الجل من طور مائي (عازل) ومرحلة صلبة مكونة من بوليمر طبيعي أو صناعي (agarose ، polyacrylamide ، starch ، إلخ. ). المرحلة الصلبة لها دوران: (1) تعمل بمثابة & quotsieve & quot لفصل الجزيئات وفقًا لخاصية فيزيائية أو كيميائية محددة و (2) تعمل بمثابة & quottrap & quot للحفاظ على الجزيئات المنفصلة من الانتشار في نهاية العلاج الكهربائي.

في المجال الكهربائي E ، جسيم الشحنة q يواجه قوة (F) من F = qE. أي أن الجزيء سالب الشحنة سيشعر & quot ؛ قوة تدفعه ضد خطوط المجال الكهربائي الموجب إلى السالب. ينتقل أي جزيء سالب الشحنة نحو نهاية الحقل & quotanode & quot (+) ، بينما تهاجر الجزيئات الموجبة الشحنة نحو النهاية & quotcathode & quot (-).

نظرًا لأن الحمض النووي مشحون سالبًا ، فإنه يهاجر نحو القطب الموجب. يتم تحديد معدل انتقال جزء معين من الحمض النووي عبر مادة هلامية بحجمها. كلما زاد حجم الجزيء ، زاد تفاعله مع مصفوفة الهلام وأبطأ حركته. تتسلل الأجسام الصغيرة عبر مسام الجل بسهولة ، بينما تنحصر الأجسام الأكبر حجمًا وتتحرك ببطء أكبر. المسافة المقطوعة خلال فترة زمنية محددة تتناسب عكسياً مع حجم الجزء. يؤثر الحجم الفعلي للمسام الموجودة في الهلام على سرعة الهجرة ، وبالتالي يمكن تعديل ذلك عن طريق تغيير تركيز المصفوفة في الجل. Agarose ، لأنه آمن وفعال وسهل التعامل معه ، فهو المصفوفة المفضلة للمواد الهلامية لتحليل الحمض النووي الأساسي.

تصور الحمض النووي

بعد اكتمال الرحلان الكهربائي ، يجب صبغ الحمض النووي لتصور شظايا التقييد المنفصلة. الطريقة الأكثر شيوعًا للتلوين المباشر هي احتضان الجل في محلول ضعيف من بروميد الإيثيديوم (EtBr). يحتوي هذا المركب على أقصى امتصاص للأشعة فوق البنفسجية عند 300 و 360 نانومتر ، ويمكنه أيضًا امتصاص الطاقة من النيوكليوتيدات المثارة عند 260 نانومتر. يتم إعادة انبعاث هذه الطاقة الممتصة في صورة مضان برتقالي / أصفر عند 590 نانومتر. كلما اقتربت إضاءة الأشعة فوق البنفسجية من 260 نانومتر ، زادت احتمالية إتلاف الحمض النووي. إضاءة

300 نانومتر يعطي أقوى الفلورة ، ومع ذلك ، يضيء العديد من الباحثين ب 360 نانومتر لحماية عينتهم من التلف (360 نانومتر تعطي تألقًا أضعف بكثير). كاتيونات الإيثيديوم لها ألفة عالية لربط الحمض النووي. في وجودهم ، يفتح الحمض النووي ديناميكيًا مسافة بين أزواج قاعدته عن طريق فك اللف. تقوم الكاتيون الإيثيديوم بفك الحمض النووي بحوالي 26 & # 176. يتلاءم الأيون مع فتحة 0.34 نانومتر (3.4 & # 197) الناتجة عن هذا الفك الذي تم تثبيته بواسطة التفاعلات الكارهة للماء بين الإيثيديوم وقواعد النوكليوتيدات (انظر الصورة). يؤدي هذا الفك إلى إحداث تغييرات هيكلية محلية في خيط الحمض النووي ، مثل إطالة خيط الحمض النووي ، أو التواء أزواج القواعد. يمكن أن تؤدي هذه التعديلات الهيكلية إلى تغييرات وظيفية ، غالبًا إلى تثبيط النسخ والتكرار وعمليات إصلاح الحمض النووي ، مما يجعل المقولات مطفرة قوية. لهذا السبب ، تعتبر مقولات الحمض النووي بشكل عام مسببة للسرطان ويجب التعامل معها بحذر.

رسم خرائط تقييد DNA البلازميد

البلازميد عبارة عن جزيء DNA منفصل عن الحمض النووي الصبغي ويمكنه التكاثر بشكل مستقل عنه. هم مزدوجو تقطعت بهم السبل ، وفي معظم الحالات دائرية. عادة ما تحدث البلازميدات بشكل طبيعي في البكتيريا ، ولكنها توجد أحيانًا في الكائنات حقيقية النواة. في الأسبوع الماضي ، قمنا بإعداد سيناريو افتراضي تم فيه إزالة الملصقات من أنابيب بكتريا قولونية كل منها يحمل بلازميدًا يستخدمه مختبرك للبحث. وترد أدناه الخرائط الأربعة الممكنة لتقييد البلازميد (الصور متاحة أيضًا على الصفحة الرئيسية D2L).

في كل خريطة ، ترى المواقع النسبية التي تقطع فيها إنزيمات التقييد المختلفة. تشير الأسهم إلى مواقع السمات الجينية المهمة. & quotAmpR & quot يعبر عن بروتين يسمى بيتا لاكتاماز ، والذي يمنح مقاومة الأمبيسلين للبكتيريا الحاملة للبلازميد. تُستخدم سمة مقاومة الأمبيسلين لانتقاء البكتيريا المحتوية على البلازميد التي تنمو في وجود هذا المضاد الحيوي. المنطقة المسمى & quotori & quot هي بكتريا قولونية & quotorigin للنسخ المتماثل ، & مثل تسلسل يرتبط به DNA polymerase. مطلوب أصل النسخ المتماثل لـ بكتريا قولونية لتمرير البلازميد إلى الخلايا الوليدة. يعبر الجين & quotrop & quot عن بروتين صغير يساعد في الحفاظ على عدد نسخ مرتفع يبلغ حوالي 20 بلازميدًا لكل خلية. تضمن هذه الميزة أننا قادرون على عزل المزيد من الحمض النووي لكل خلية. تعبر الميزات الأخرى عن البروتينات التي تهم مختبرك في هذا السيناريو الافتراضي. تم إدخالها في البلازميدات باستخدام الطرق الموضحة في قسم Lehninger 9.1.

انظر بعناية إلى اختلافات بين الاربعة البلازميدات. سوف نستخدم النمط الناتج عن التفاعل مع إنزيمات التقييد لتحديد البلازميد الخاص بنا. على سبيل المثال ، لما قد نراه ، فإن عمليات الهضم بواسطة EcoRI أو AvaI ستمنحك ببساطة قطعة بحجم البلازميد بأكمله نظرًا لوجود موقع قطع واحد فقط لكل منهما. ومع ذلك ، فإن الخلاصة المزدوجة مع كل من EcoRI و AvaI ستسمح لك بتمييز pAB125 عن الآخرين. سيعطي البلازميد pAB125 جزءًا كبيرًا

4000 نقطة أساس وجزء صغير

300 زوج قاعدي في الطول. في المقابل ، فإن الجزء الأصغر الناتج عن هضم مزدوج مع البلازميدات الثلاثة الأخرى يمكن تمييزه بوضوح

أجريت الأسبوع الماضي عزلًا صغيرًا للحمض النووي البلازميدي. ستقوم هذا الأسبوع بتعيين مواقع تقييد أربعة إنزيمات متوفرة: ايكو ارى, افاي, HincII، و RsaI. ستستخدم أطوال أجزاء الحمض النووي الناتجة عن هضمات التقييد لتعيين مواقعها النسبية للمواقع على البلازميد. باستخدام هذه المعلومات ، ستحدد & quotunknown & quot البلازميد من بين الاحتمالات الأربعة. ستقوم أيضًا بإكمال الخريطة عن طريق تعيين أرقام المواقع للمواقع.

سيحتوي جل الاغاروز الخاص بك على إجمالي عشرة ممرات. تأكد من تشغيل عناصر التحكم المناسبة على كل هلام ، بما في ذلك هضم واحد للمقارنة مع هضم مزدوج أو هضم مزدوج لمقارنتها مع بعضها البعض. كلما زاد عدد هضم الجل لديك ، زادت المعلومات التي تحصل عليها من خلال مقارنة أحجام الأجزاء بشكل مباشر. ستقوم بإنشاء منحنى قياسي لأحجام الشظايا عن طريق تشغيل خليط سلم DNA على كل هلام. سيكون خليط الحمض النووي المرجعي الخاص بنا هو & quot2-log DNA Ladder & quot (منتج New England Biolabs N3200). قم بزيارة موقع الشركة المصنعة للحصول على مزيد من المعلومات حول تكوين هذا المزيج المرجعي للحمض النووي (رابط على الصفحة الرئيسية D2L).

إنزيمات نوكلياز تقييدية

إذن ما هو إنزيم التقييد؟ هذه الإنزيمات هي نوكليازات داخلية (إنزيمات تحطيم النيوكليوتيد) التي تتعرف على تسلسل DNA معين ، وتقدم قطوعًا مزدوجة الشريطة. عثر الباحثون على هذه الإنزيمات أثناء ملاحظة نمو فيروس العاثية ، ورأوا أن نموها كان & quot؛ مقيد & quot؛ في بعض الثقافات البكتيرية. عند التحقيق وجدوا أنه في هذه الثقافات ، تحلل نوكليازات الحمض النووي الفيروسي غير الميثيل عند دخولها إلى الخلية البكتيرية ، مما يحد من نمو العاثية (ومن هنا جاء اسم إنزيم تقييد الاسم). 1 مثيلة الحمض النووي للبكتيريا تمنع الإنزيمات من تدمير DNA المضيف ، مع السماح لها باستهداف أي DNA غريب يغزو الخلية.

كما يتضح من الجدول أعلاه ، هناك عدد كبير من إنزيمات التقييد ، كل منها يتعرف على تسلسلها الخاص & quot ؛ & quot هو نفسه بالنسبة للخيوط العلوية والسفلية). في الجدول أعلاه ، تشير الأسهم إلى المكان الذي يشق فيه إنزيم التقييد رابطة الفوسفوديستر في العمود الفقري للحمض النووي ، مع تحلل رابطتين من أجل تحقيق القطع المزدوج الذي تقطعت به السبل. يمكن أن تشكل خيوط الحمض النووي الناتجة المقطوعة إما نهايات حادة (بدون قواعد غير متزاوجة) أو نهايات لزجة (قواعد متعددة غير متزاوجة). تعتبر النهايات اللاصقة ذات فائدة خاصة بسبب قدرتها على الرابطة الهيدروجينية مع التسلسلات التكميلية المهضومة بنفس الإنزيم. كما سنرى لاحقًا ، يلعب هذا دورًا كبيرًا في استنساخ الحمض النووي القائم على التقييد.

يعطي الإنزيم الموضح على اليمين ، EcoRI نظرة ثاقبة على الطبيعة المتجانسة لمواقع التعرف على التسلسل. إنزيمات التقييد هي متجانسة ، حيث تتعرف كل وحدة فرعية على نفس تسلسل الحمض النووي على كل خيط. الكرات الأرجوانية في هذا النموذج هي أيونات Mg 2+ ، والتي ، كما يمكنك أن تتذكر الأسبوع الماضي ، ضرورية في تثبيت الشحنات السالبة في مركب تفاعل إنزيم الحمض النووي.

الاستنساخ باستخدام إنزيمات تقييدية

ليس من قبيل المبالغة القول إن اكتشاف إنزيمات التقييد أحدث ثورة في الكيمياء الحيوية والبيولوجيا الجزيئية. سرعان ما تبع التقدم في تقنية الحمض النووي اكتشاف إنزيمات التقييد: الاستنساخ وتحليل تجزئة الحمض النووي ورسم خرائط الحمض النووي ليست سوى بعض التطبيقات العديدة لأنزيمات التقييد. 2

يتضمن الاستنساخ الجمع بين مجموعتين أو أكثر من الدنا في قطعة واحدة من الحمض النووي المؤتلف. فيما يتعلق بتكوين البلازميدات المؤتلفة ، تكون قطعتا الحمض النووي عادةً عبارة عن عمود فقري ناقل (1) وإدخال جيني (2). يشفر الإدخال للبروتين أو الإنزيم أو الوظيفة ذات الأهمية بينما يسمح العمود الفقري بتحويل البلازميد إلى خلايا بكتيرية ، وتكرار البلازميد عند التحول.

لأداء هذا النوع من الاستنساخ ، يجب هضم كل من المتجه والإدخال بنفس الإنزيم (3). ينتج عن ذلك نهايات لزجة على كل من المتجه والإدخال الذي سيتداخل مع بعضهما البعض عند الدمج. يتم تثبيت القطع في مكانها بشكل غير محكم بواسطة هذه الأطراف اللاصقة ، ويتم ربطها مع DNA ligase ، الذي يعيد تشكيل روابط phosphodiester في العمود الفقري للحمض النووي. يمكن بعد ذلك تحويل البلازميد المربوط إلى خلية مضيفة (4) ، وسيقوم بنسخ نفسه باستخدام آلية النسخ المتماثل للمضيف (5).

قد تبدو هذه الطريقة معقدة ، ولكن يمكن التفكير فيها بعبارات بسيطة إلى حد ما. تعمل إنزيمات التقييد كمقص جزيئي يقطع تسلسل الحمض النووي من مصدرين أو أكثر. تعمل الأطراف اللاصقة الناتجة عن هذه القطع على أنها مادة لاصقة ضعيفة تربط بشكل عكسي الإدخال بالناقل. أخيرًا ، يعمل DNA ligase بمثابة صفح ، يختم قطعتين من الحمض النووي معًا برابطة تساهمية لا يمكن عكسها بسهولة.

تحليل تجزئة الحمض النووي ورسم خرائط البلازميد

التطبيق الثاني للأنزيمات المقيدة في الكيمياء الحيوية هو قدرتها على & اقتباس أجزاء من الحمض النووي من خلال أنماط الانقسام. يمكن العثور على معلومات حول الحجم والمواقع النسبية لمواقع القطع المقيدة عن طريق هضم الحمض النووي بسلسلة من إنزيمات التقييد. إن تشغيل منتجات هضم تقييد الحمض النووي على هلام الرحلان الكهربائي سيسمح بتصور التخفيضات ، حيث سيتحول شريط الحمض النووي الفردي الكبير إلى نطاقات متعددة وأصغر. هذا التعيين هو ما ستنفذه على البلازميد غير المعروف في المختبر 8.

سيتم تغطية كيفية التعامل مع رسم خرائط البلازميد بمزيد من التفاصيل في قسم تحليل البيانات.

من صورة الهلام ، يمكن تحديد أطوال النطاقات عن طريق قياس المسافة التي قطعتها كل فرقة. أولاً ، يجب قياس مسافات الترحيل لنطاقات السلم ورسمها في Excel مقابل 10 من عدد الأزواج الأساسية. تعطي الصورة الموجودة على اليسار إشارة إلى كيفية قياس المسافات. Make sure you are consistent with your measurements (i.e. start at the bottom of each well, and end at the middle of each band).


Transduction and Analysis

Once you have generated a lentiviral stock with a suitable titer, you are ready to transduce the lentiviral construct into the mammalian cell line of choice and assay for expression of your recombinant protein. Guidelines are provided below.

Your lentiviral construct contains a deletion in the 3′ LTR that leads to self-inactivation of the lentivirus after transduction into mammalian cells. Once integrated into the genome, the lentivirus can no longer produce packageable virus.

Transient vs. Stable Expression

After transducing your lentiviral construct into the mammalian cell line of choice, you may assay for expression of your gene of interest in the following ways:

  • Pool a heterogeneous population of cells and test for expression directly after transduction (i.e. “transient” expression). Note that you must wait for a minimum of 48–72 hours after transduction before harvesting your cells to allow expressed protein to accumulate in transduced cells.
  • Select for stably transduced cells using Blasticidin or Zeocin, as appropriate. This requires a minimum of 10-12 days after transduction, but allows generation of clonal cell lines that stably express the gene of interest. ملحوظة: We have observed stable expression of a target gene for at least 6 weeks following transduction and selection.

Determining Antibiotic Sensitivity for Your Cell Line

If you wish to select for stably transduced cells, you must first determine the minimum concentration of Blasticidin or Zeocin, as appropriate, required to kill your untransduced mammalian cell line (i.e. perform a kill curve experiment). If you titered your lentiviral construct in the same mammalian cell line that you are using to perform your stable expression experiment, then you may use the same concentration of Blasticidin or Zeocin for selection that you used for titering.

Multiplicity of Infection (MOI)

To obtain optimal expression of your gene of interest, you will need to transduce the lentiviral construct into your mammalian cell line of choice using a suitable MOI. MOI is defined as the number of virus particles per cell and generally correlates with the number of integration events and as a result, expression of your gene of interest. Typically, expression levels increase linearly as the MOI increases.

Determining the Optimal MOI

A number of factors can influence optimal MOI including the nature of your mammalian cell line (e.g. non-dividing vs. dividing cell type see Recommendation below), its transduction efficiency, your application of interest, and the nature of your gene of interest. If you are transducing your lentiviral construct into the mammalian cell line of choice for the first time, we recommend using a range of MOI (e.g. 0, 0.5, 1, 2, 5, 10) to determine the MOI required to obtain the optimal expression of your protein for your application.

In general, we have found that 80-90% of the cells in an actively dividing cell line (e.g. HT1080) express a target gene when transduced at an MOI of

1. Some nondividing cell types transduce lentiviral constructs less efficiently. For example, only about 50% of the cells in a culture of primary human fibroblasts express a target gene when transduced at an MOI of

1. If you are transducing your lentiviral construct into a non-dividing cell type, you may need to increase the MOI (e.g. MOI = 10) to achieve optimal expression levels for your recombinant protein.

Control lentiviral vectors expressing lacZ or EmGFP are available for optimization. If you have generated a lentiviral stock of a lacZ expression control (e.g. pLenti6/V5-GW/lacZ), we recommend using the stock to help you determine the optimal MOI for your particular cell line and application. Once you have transduced the control lentivirus into your mammalian cell line of choice, the gene encoding β-galactosidase or EmGFP will be constitutively expressed and can be easily assayed (refer to the expression vector or expression control vector manual for assay methods).

Viral supernatants are generated by harvesting spent media containing virus from the 293FT producer cells. Spent media lacks nutrients and may contain some toxic metabolic waste products. If you are using a large volume of viral supernatant to transduce your mammalian cell line (e.g. 1 ml of viral supernatant per well in a 6-well plate), note that growth characteristics or morphology of the cells may be affected during transduction. These effects are generally alleviated after transduction when the media is replaced with fresh, complete media.

You will need the following items:

  • Your titered lentiviral stock (store at –80°C until use)
  • Mammalian cell line of choice
  • Complete culture medium for your cell line
  • 6 mg/ml Polybrene, if desired
  • Appropriately sized tissue culture plates for your application
  • Blasticidin or Zeocin, as appropriate (if selecting for stably transduced cells)

Transduction Procedure

Follow the procedure below to transduce the mammalian cell line of choice with your lentiviral construct. Reminder: If you are performing Zeocin selection, remember that cells should not be confluent at the time of selection (see Step 6 below). Plate your cells accordingly.

  1. Plate cells in complete media as appropriate for your application.
  2. On the day of transduction (Day 1), thaw your lentiviral stock, and if necessary, dilute the appropriate amount of virus into fresh complete medium to obtain a suitable MOI. Keep the total volume of medium containing virus as low as possible to maximize transduction efficiency. DO NOT vortex.
  3. Remove the culture medium from the cells. Mix the medium containing virus gently by pipetting and add to the cells.
  4. Add Polybrene® (if desired) to a final concentration up to 10 μg/ml. Swirl the plate gently to mix. Incubate at 37° in a humidified 5% CO2 incubator overnight. ملحوظة: If you are transducing cells with undiluted viral stock and are concerned about possible toxicity or growth effects caused by overnight incubation, it is possible to incubate cells for as little as 6 hours prior to changing medium.
  5. The following day (Day 2), remove the medium containing virus and replace with fresh, complete culture medium. Incubate at 37°C in a humidified 5% CO2 incubator overnight.
  6. The following day (Day 3), perform one of the following:
    • Harvest the cells and assay for expression of your recombinant protein if you are performing transient expression experiments.
    • Remove the medium and replace with fresh, complete medium containing the appropriate amount of Blasticidin or Zeocin™, as appropriate to select for stably transduced cells. Proceed to Step 7.

Integration of the lentivirus into the genome is random. Depending upon the influence of the surrounding genomic sequences at the integration site, you may see varying levels of recombinant protein expression from different antibiotic-resistant clones. We recommend testing at least 5 antibiotic-resistant clones and selecting the clone that provides the optimal expression of your recombinant protein for further studies.

Detecting Recombinant Protein

You may use any method of choice to detect your recombinant protein of interest including functional analysis, immunofluorescence, or western blot. If you have cloned your gene of interest in frame with an epitope tag, you may easily detect your recombinant protein in a western blot using an antibody to the epitope tag


خيارات الوصول

احصل على الوصول الكامل إلى دفتر اليومية لمدة عام واحد

جميع الأسعار أسعار صافي.
سيتم إضافة ضريبة القيمة المضافة في وقت لاحق عند الخروج.
سيتم الانتهاء من حساب الضريبة أثناء الخروج.

احصل على وصول محدود أو كامل للمقالات على ReadCube.

جميع الأسعار أسعار صافي.


Extending the small-molecule similarity principle to all levels of biology with the Chemical Checker

Small molecules are usually compared by their chemical structure, but there is no unified analytic framework for representing and comparing their biological activity. We present the Chemical Checker (CC), which provides processed, harmonized and integrated bioactivity data on

800,000 small molecules. The CC divides data into five levels of increasing complexity, from the chemical properties of compounds to their clinical outcomes. In between, it includes targets, off-targets, networks and cell-level information, such as omics data, growth inhibition and morphology. Bioactivity data are expressed in a vector format, extending the concept of chemical similarity to similarity between bioactivity signatures. We show how CC signatures can aid drug discovery tasks, including target identification and library characterization. We also demonstrate the discovery of compounds that reverse and mimic biological signatures of disease models and genetic perturbations in cases that could not be addressed using chemical information alone. Overall, the CC signatures facilitate the conversion of bioactivity data to a format that is readily amenable to machine learning methods.


شاهد الفيديو: كريسبر وعلاقة الهندسة الوراثية بالواقع والخيال (شهر نوفمبر 2022).